经过三年建设，杭锦后旗共投资18万元完成了新型农村合作医疗信息系统建设，实现了旗合管办和定点医疗机构二级联网，在全市率先实现医院管理系统和新农合软件的对接。
       新型农村合作医疗信息系统的建设使用，方便了群众看病就医，参合农民在杭后所有定点医疗机构就医，出院即可实现报销。同时，通过新农合统一的信息平台，可以随时调度新农合患者看病就医的费用，对各定点医疗机构医疗收费情况适时监控，避免了过去手工操作差错多、监管难、造假易等弊端，保证了基金的安全。该系统使各级新农合经办机构的工作量减少，缩短了住院结算时间，提高了工作效率，降低了工作成本，推进了杭后新型农村合作医疗业务管理的数字化、信息化与科学化。   
       据了解， 杭后从2009年开始，微机信息化管理就已脱离了手工操作，基本实现了上传数据的准确、完整，并与巴彦淖尔市医院住院管理系统对接，直接导入数据，操作简便、易行，报销准确率高，首家通过住院管理系统实现明细上传数据，走在了全市的前列。