根据《意见》，厦门市反腐败的主要目标是：力争到2007年，初步建立教育、制度、监督并重的惩治和预防腐败工作格局和工作机制，腐败现象滋生蔓延的势头进一步得到遏制，人民群众对反腐败工作的满意度进一步提高。到2010年，建成惩治和预防腐败体系基本框架。
公务员工资制度：实施改革
2005－2006年，研究制定《领导干部个人重大事项报告制度实施办法》。
组织实施厦门市公务员工资制度改革，进一步完善和规范党政机关工作人员工资和津贴、补贴制度。
2005－2007年，健全党务公开制度，研究制定《厦门市党务公开工作暂行办法》。行政审批：建立电子监察系统
2005年，推进下放行政审批权限改革，做好扩大区级经济社会管理权限工作权事项和监管办法。2006年，制定行政审批项目目录，明确审批项目和程序。全面推行无偿代办制度。
2006－2007年，积极推行电子政务，全面推行网上审批，逐步建立起市、区两级电子政务在线审批服务平台，形成全市行政审批电子网络体系。建立行政审批电子监察系统，强化在线行政审批的监督。
差额选举：比例将扩大
在深化干部人事制度改革方面，全面推行党委全委会无记名投票表决下一级党委、政府领导班子正职拟任人选和推荐人选制度。
2005－2007年，明确干部实绩考核评价标准，完善干部考察考核制度和办法。研究制定调整不称职党政领导干部规定、用人失察失误责任追究办法等。
实行党政领导干部职务任期制度，逐步建立任期目标考核制度，加强任期管理。改进候选人提名方式，进一步扩大差额推荐和差额选举的范围和比例。从2006年开始，加大干部交流轮岗力度，并使之规范化和制度化。
核准外投资项目：实行备案
2005－2006年，改革企业投资审批办法，凡企业不使用政府投资建设的项目，实行核准制或备案制。
2006－2007年，制定政府核准的投资项目目录，目录以外的实行备案制。建立健全中小企业融资和信用担保体系。
财政资金：实行绩效评价
2006－2007年，建立财政资金绩效评价体系，制定《市本级部门预算绩效考评管理办法》，并进行绩效考评试点工作。建立大额度财政支出预算项目绩效审计制度。抓紧制定和完善行政事业性收费、预算外资金、银行账户、支出支付、收入收缴等财政管理制度以及责任追究办法，逐步健全完善财政管理法规制度体系。大额可疑现金支付：需要备案
2006－2007年，进一步完善银行类机构、证券期货机构、基金管理公司和保险代理公司法人治理结构与内控机制。严格现金交易管理制度，构建反洗钱体系，大力发展信用卡等电子交易货币交易形式，实行大额和可疑现金支付备案制度。
建立征信管理体系，完善银行信贷登记咨询系统制度，努力推进个人征信体系建设。
建立金融风险的识别、评价和预警体系。公共行政资源：全面招拍挂推进全市统一、规范、高效的产权交易市场体系建设。总结和完善出租汽车、公交线路、户外广告、水务燃气、市政管理等领域的行政资源和社会公共资源配置的市场化改革。
按照“能推向市场的都要推向市场，全面实行公开招拍挂制度”的原则，研究制定《行政资源和社会公共资源配置的市场化改革方案》。
2005—2007年，继续完善统一的行政资源和社会公共资源交易平台，规范配置行为，加强市场监管。从2005年起，每年组织一次对有形市场的专项执法监察，纠正和查处违反公开招投标原则、搞“暗箱操作”等行为。重大投资：决策失误要追究
2005－2006年，研究制定《厦门市关于实行党风廉政建设责任制规定的实施办法》、《〈纪委协助党委组织协调反腐败工作的规定〉实施办法》。2006－2007年，将研究制定市纪委、监察局对派驻机构实行统一管理的相关规定。
加强对干部选拔任用工作全过程的监督。
健全国有资本投资决策和项目法人约束机制，实行重大资产项目论证制和重大投资决策失误追究制。加强对国有企业资产保值增值情况的审计和企业领导人的经济责任审计。加强对资本运营各个环节的监管，防止国有资产流失。重点查办：本部门大案要案
当前和今后相当长一段时期内，必须集中力量查办本地区本部门有重要影响的大案要案。坚决查办违反政治纪律的案件。重点查办领导机关和领导干部中滥用权力、谋取非法利益的案件。
2005－2007年，研究制定组织处理具体规定、限制从业资格规定等管理制度。