如果“电子政府工程”涉及到的业务具有一定的私密性质，那么在电子政府工程的安全性上还是要采取一定的措施 。B/S架构与C/S架构相比，最让人担心的就是电子政府工程的安全性问题。确实，从现在实际应用的情况来看，B/S架构的安全性确实无法与C/S架构相比。这不但与用户的使用习惯有关，而且从技术上来看，确实存在一些先天的不足。

电子政府工程，很多面对的是企业用户。如增值税发票验证、电子核销、电子口岸等项目。如果是企业用户的话，那么安全性措施还是比较好采取的。比较简单的处理方式，就是给每个企业配置一个“U KEY”。企业用户只有通过这个工具才能够登陆到这个政府的服务平台。当然这也有一定的缺陷。如一般政府单位只给一家企业一个Ukey。也就是说，一家企业只有一个用户可以在政府的服务平台上进行业务的操作。对于业务量比较多的企业来说，就可能会遇到一定的问题。

如果电子政府工程面对的是普通的老百姓，安全问题就比较难以操作了。如网上银行等等。虽然现在针对网上银行也推出了Ukey等安全措施，但是普通用户人手一个Ukey，其成本有点高。政府是不会为这个额外的成本买单的。羊毛出在羊身上，最好还是要老百姓来买单。不过无论如此，一定的安全措施还是有必要的。政府在实施电子政府工程时，要让用户觉得，自己在安全性这方面的投资是值得的。不要花了钱，安全性还是得不到保障。