信息化与内部控制二者之间相互渗透，相互影响，相辅相成，共同发展。二者的关系应从两方面分析，即会计信息化对内部控制的影响及内部控制对会计信息化的反作用。

一方面，会计信息化给内控带来了冲击。会计信息化的开放性、动态性、集成性、多元性等特征，对原有的内部控制体系带来了巨大冲击，其影响主要有以下几个方面。

增加了内部控制的内容。会计信息化在涵盖原有的手工财务会计基础上，还涉及到采购、销售、仓储、生产等企业运营管理的各个环节。这一变化同时也增加了内部控制的工作范围。此外，实现会计信息化后，企业新增了如系统管理员等工作岗位，组织机构及岗位分工的变化也带来了内部控制内容的革新。

转变了内部控制的形式。实现会计信息化后，原有部分手工处理中的内部控制措施已丧失了存在的必要性，如账账核对、账证核对、科目汇总表的编制等。还有部分内部控制措施转为在计算机内部依靠计算程序完成，如凭证的借贷平衡校验、凭证类别控制、余额表试算平衡等。会计信息化处理数据的集中性、高效性使得传统的内部控制功能减弱，原有的内部控制措施逐步由相应的程序功能代替。内部控制形式由单一的制度控制转变为程序控制和制度控制并存，并不断倾向于程序控制。

丰富了内部控制的环境。会计信息化的到来，改变了传统的会计环境，这主要体现在计算机和网络介入了会计核算。计算机的智能性、高速运算能力和网络的共享性、远程操作能力，使内部控制环境日益复杂。

改变了内部控制的对象。会计信息化背景下，企业业务执行主体由传统的财务人员转变为人和计算机系统，相应的内部控制对象也演变为人—机系统。

另一方面，会计信息化对内部控制的影响是全方位的，同时，企业内部控制的质量也会影响会计信息化的进程。这主要体现在高质量的内部控制可以保障会计信息系统数据的准确性、安全性和可靠性。企业会计信息系统的稳定运行依赖于对内部控制的不断优化和完善。