“体制就是架构和基本规则。这种架构的搭建，要符合市场要求，还要符合执政高效率。无论什么部门，只是一种组织形式，根本点是政府和市场的关系得搞清楚。如果政府职能不转变，再合也无用。”邵秉仁在肯定大部门制改革积极性的同时也提醒说，“机构变化不是根本，根本在职能，其中政府和市场关系是关键。”
　　比如，电监会与能源局合并，如果电力和能源价格的监管责任不交给能源局，局面依旧。即使交给能源局，由发改委审批变为能源局审批，是权力的再分配，不是资源的优化，仍然解决不了电力行业的垄断现状。在其看来，不管成立什么部门，最终市场应该在资源配置中起基础作用，而不能由政府直接插手。
　　“政府能不能按照市场要求，退出不该管的领域，这是最核心的问题。价格形成要符合市场规律，按照供求关系决定价格走向。完全靠政府审批，肯定要扭曲市场，就会带来寻租。”他分析说，为了减少政府机构数量，撤销几个正部级单位，老百姓并不关心，真正关心的是政府能不能高效率运行、能不能顺应市场经济的基本要求。
　　他认为，处理好政府与市场的关系，涉及的问题很多，但可以先从三方面入手。
　　其一，理顺政府与企业、政府与国有资产、政府与事业单位、政府与社会组织等四方面关系，改变全能政府的定位，向建立公共政府方向过渡，凡是市场能够解决一律交给市场。除涉及民生公共事业外，政府管理国有企业，主要是管资产，通过市场手段推进资产的优化配置，特别要让国有资本从一般竞争性的行业退出，将国有资本收益划转到社会保障和其他公益事业，回归国有资产全民性和公益性。通过改革切断政府和事业单位之间的联系，使其在市场中独立运行，切断政府与社会组织的联系，避免社会组织行政化。
　　其二，把资源分配最大限度地交由市场，充分发挥市场作用实现资源优化配置。首先，宏观调控绝不等于政府运用行政手段去配置资源，而是要在市场配置资源的基础上，政府运用价格、利率等经济手段对经济运行进行适当调控；其次，民营经济和国有经济一样，都是市场经济中平等的主体，都有权参与、享受资源的利用，政府赋予国企行政资源需要破除；再次，转变经济发展方式必须摒弃政府主导经济发展模式，回到市场经济轨道上来。
　　其三，最大限度减少政府行政性审批，彻底转变政府的职能。每一届政府都曾经要求减少行政性审批，但是收效甚微，以往的教训是每一次延长行政性审批，几乎都是减小不减大，保留权利，放弃职责或者先减再慢慢恢复，或者是备案核准变相保留审批权。这方面已经很难靠相关部门自己去改，必须以立法的形式设立行政审批立项，这是建立反腐败机制的重要一环。