许多政府部门在电子政务建设过程中都存在如下一些问题，使电子政务建设工作经常出现这样或那样的困难：
第一，政府部门对电子政务的概念模糊。
有些政府部门认为，信息化即无纸化，并将其定为电子政务建设的目标，因此，只要使用了电脑，则工作中对大量使用纸张的要求和变革一律不与支持；有些政府部门则认为信息化即政府上网，认为只要政府部门能够与外部的Internet连网，即认为实现了信息化；还有些政府部门认为信息化即计算机化，认为各部门使用了计算机即实现了信息化……，以上对电子政务建设在认识上的种种误区导致政府部门在信息化建设的目标、策略、方向的偏移，使此项工作在开始时就错了，实施也就不可能成功。
第二，政府部门对电子政务建设的需求模糊。
电子政务建设涉及面很广，纵使政府部门有足够的人力、物力、财力，纵使政府部门的决策者有足够的思想准备，但没有结合政府部门自身的发展目标，认真分析各项管理中存在的主要问题，先抓主要矛盾，再将问题分类，分析哪些问题是电子政务建设中可以解决的（因为政府部门的信息化建设不可能解决政府部门所有的问题），哪些问题是电子政务解决不了的，不能眉毛胡子一把抓，也就是说，政府部门对自己信息化建设的需求不明确，政府部门的信息化建设的成功就无从谈起。此外，政府部门千差万别，因此电子政务建设的需求是各不相同的，每一个政府部门要根据自身的具体情况来确定自己信息化建设的需求，要有所为，有所不为。对于一个从未接触过信息化的政府部门领导来说，做到这点难度很大，存在的风险也很大。
第三，政府部门对电子政务建设的目标模糊。
由于需求不明确，这些政府部门在对信息化建设目标定位时就会出现偏差。有的没有充分分析政府部门的现状、政府部门的管理基础及所处的环境，盲目的在技术上、在管理上求全求高，期望目标值与政府部门实际相差甚远，贪大求洋，一口就想吃成一个胖子，从而使项目在实施进展中重重受阻，其结果导致一次性投入过大，较大的投入却收效甚微，不仅打击了各层管理人员的积极性，政府部门也对信息化建设失去信心，导致投资决策的失败。有的政府部门对信息化建设没有总体目标，一哄而上，各自为政，导致对电子政务建设的重复投资，开始看似很热闹，但干到一定程度就会出现功能交错，产生信息孤岛，使电子政务建设欲进不可、欲罢不能，最后不了了之，半途夭折，使政府部门蒙受经济损失。
第四，政府部门的规模较大，但信息化基础工作薄弱。
政府部门在信息化建设的前期工作中，由于信息化的基础薄弱，没有能力将自身信息化的需求、目标规划成可操作的方案，特别是对一些规模较大的政府部门，信息化专业人才匮乏，没有自己的信息化专业部门，信息基础工作底子薄，信息化建设自己都不知如何做起，“凡事预则立，不预则废”，没有一个可行的方案，甚至没有方案，这种前提下的决策风险之大可想而知。
政府部门在做信息化建设的决策之前，如果存在上述风险，就应该有针对性地进行电子政务咨询，在专业顾问的帮助下，正确确定电子政务建设的目标和任务，并制定一套切实可行的方案，从而规避电子政务建设中的风险。
电子政务项目咨询的目的和内容可以概括为：帮助政府部门了解和认识电子政务、为待建项目确定恰当的目标、寻找合理的实施路线，获得可行的解决方案。实际上，电子政务项目咨询是咨询者与业主、用户互动的过程，而不是单纯的提问解答过程。咨询是从一般到特殊，逐步深入的过程。是咨询双方对待建项目逐步认识的过程，随着认识的逐步深化，待建的信息系统逐步从模糊到清晰。即先通过一般性咨询（知彼）使业主和用户了解相关信息、原理、必要条件、可借鉴实例、经验与教训等，然后开展业务调研（知己），了解本地或本部门政务工作内容、流程、规则、特点、业务瓶颈等。之后开始设计方案，要确定目标、弄清用户需求、找准定位、划分工作阶段、设计项目实施路线。
高水平的专业咨询公司应当能够提供全面、客观、深入的咨询，但专业咨询公司在国内很少，目前尚未发现电子政务领域的专业咨询公司。目前开展电子政务咨询业务的大多是电子政务解决方案商、电子政务产品提供商和电子政务研究机构。由于他们擅长的行业领域、技术实力、咨询人员的水平不同，其咨询领域、范围、提高服务的形式也各不相同。咨询形式有产品推广过程中的免费咨询、项目咨询以及制订规划和实施方案等。
政府部门在选择电子政务咨询公司时，要从以下四个方面考虑：一是评估电子政务咨询公司的资信情况；二是了解电子政务咨询公司的业务能力；三是评价电子政务咨询公司提供的建议方案；四是分析电子政务咨询公司的项目报价情况。
电子政务咨询公司的资信情况能够直接或间接地反映电子政务咨询公司的实力。首先，电子政务咨询公司的规模和专家实力是一个电子政务咨询公司开展咨询服务的基础，具体表现在咨询顾问人数、咨询顾问专业水平、公司赢利能力、办公地点、成立年限、咨询项目数量、项目回款率、政府客户数量、政府客户满意度、政府客户回头率等方面。此外，电子政务咨询公司的声誉、口碑也是判断电子政务咨询公司资信的重要依据。为了防止电子政务咨询公司在资信情况方面造假，政府部门可以从该电子政务咨询公司以前的客户那里了解情况，还可以从该电子政务咨询公司竞争对手那里了解情况。
不同电子政务咨询公司的业务领域和业务专长是不同的。他们所依据的方法论也有很大的差异，对不同性质项目的实施能力也不尽相同。政府部门可以从电子政务咨询公司的业务专长、咨询方法、实施能力三个方面去了解电子政务咨询公司的业务能力。
要完全了解电子政务咨询公司的业务专长是很难的，但是要获得大致的认识还是不难做到的。政府部门可以从以下几个方面来考虑：该电子政务咨询公司是擅长信息化战略咨询还是技术实施咨询？该电子政务咨询公司的客户来源重要是公安系统，还是税务系统，或者社会保障系统？该电子政务咨询公司的客户来源重要是中央部委，还是省厅，还是市县政府部门？
对于电子政务咨询公司的方法论，一般可以从他们的项目建议书或者过去做过的案例中了解到。不少电子政务咨询公司在实践中积累了具有自身特色的理论模型、方法体系、咨询手段等，这些咨询方法体现了电子政务咨询公司分析问题的思路，一般不容易轻易改变。政府CIO可以通过考察来判断这些方法是否适合自己的部门，能否解决政府部门存在的实际具体问题，是否容易被部门上下接受。此外，还要注意电子政务咨询公司的项目质量控制体系和风险防范体系，这些是决定电子政务项目成败的关键因素。
不同电子政务咨询公司的项目实施能力也是不同的。有的电子政务咨询公司对项目实施的介入程度比较深，有的则基本上不介入实施过程。对于同一个电子政务咨询公司，在一个行业领域非常精通并不代表在另外一个行业领域也能够得心应手。因此，了解电子政务咨询公司以前做过多少类似的咨询项目是非常重要的。如果有这样的项目，可以向电子政务咨询公司及其被服务过的客户了解类似项目的真实情况。
政府部门可以通过电子政务咨询公司递交的项目建议书初步判断该电子政务咨询公司的业务能力以及电子政务咨询公司对该咨询项目的重视程度。从电子政务咨询公司递交的项目建议书可以了解对电子政务咨询公司对政府部门需求的把握是否准确，咨询思路是否清晰，咨询人员结构是否合理，资源保障是否充足，项目周期是否合理，咨询服务承诺是否明确等。这些都是选择电子政务咨询公司的重要依据。
不少接受过电子政务咨询公司咨询服务的政府部门都在抱怨：电子政务咨询公司在项目开始之前向该部门派出了实力雄厚的顾问团队，但是，在与电子政务咨询公司签约之后，就发现电子政务咨询公司经常以各种理由任意更换顾问团队成员，把原来经验丰富的顾问替换为没有多少咨询经验的顾问，那些经验丰富的资深顾问只是偶尔充当一下“救火队员”的角色。实际上，一个电子政务咨询项目的成功与否不但取决于是否选择了一家优秀的电子政务咨询公司，更重要的是电子政务咨询公司向政府部门派出了什么样的咨询团队，咨询团队成员的业务水平、合作沟通能力直接决定了咨询项目的质量。
电子政务咨询公司一般都有不同的定价策略。对于一个咨询项目的报价，最为通行的是根据咨询团队成员的资历按照人/天计算咨询费用。顾问的资历或级别越高，收取的费用就越多。政府部门在评价电子政务咨询公司报价是否合理时，首先要考虑此次咨询项目的预算情况、项目费用支付条件。在确定电子政务咨询公司之前，还要评估该咨询项目的投资-收益比。
此外，政府部门在选择电子政务咨询公司时，可以给上述各种因素分配不同的权重，计算哪个电子政务咨询公司的得分最高就选哪个。选好电子政务咨询公司之后，政府部门应该和电子政务咨询公司签订一份完备的咨询合同，明确双方的权利和义务。咨询合同通常包括咨询项目的范围、时间期限、团队人员、费用和付款方式、咨询工作的具体要求、保密协议、违约责任、争议解决方式和其他事项。
任何规范的电子政务咨询公司都有一套严格的咨询程序。电子政务咨询公司一般都实行项目管理制，即把每个咨询项目按照项目管理的要求进行独立的范围界定，人员配置、成本核算、质量控制、风险管理、进度安排等。
通常，一个电子政务咨询项目的整个过程可以分为项目启动阶段、咨询诊断阶段、方案设计阶段和方案实施阶段四个步骤。每个阶段又细分为一些具体的事项。例如，项目启动阶段的项目规划、成立联合项目小组、召开项目动员大会；咨询诊断阶段的资料收集整理、访问调查、递交诊断报告。政府部门要积极参与咨询项目整个过程，配合电子政务咨询公司的各项工作，与电子政务咨询公司建立良好的合作关系，共同致力于问题的解决。