电子口岸运用了现代信息技术，借助国家电信公网资源，将国家各行政管理机关分别管理的进出口业务信息流、资金流、货物流电子底账数据集中存放到公共数据中心，在统一、安全、高效的计算机物理平台上实现数据共享和数据交换。各国家行政管理部门可进行跨部门、跨行业的联网数据核查，企业可以在网上办理各种进出口业务。
“三假”催生联网核查
20世纪90年代中期，利用假单证、假批文、假印章进行的“三假”走私、骗汇、骗税违法犯罪活动十分猖獗，对国家经济造成了严重损害。
按照国家外汇管理有关规定，企业出口货物必须事先到外汇管理部门备案，然后在规定的时间内把出口货物换取的外汇结算给外汇指定银行。企业进口设备、原材料需要外汇时，只需要向外汇指定银行出具海关签发的进口报关单证明，就可以自由购汇。实际上1998年国家外汇大量流失的主要原因是，不法分子根本没有进口货物，而是通过制造假的报关单到银行骗购外汇。
1998年，海关总署和外汇管理局按照国务院领导关于要加快银行、外汇管理局和海关之间的计算机联网，加强对报关单和外汇进出口核销工作的管理，联合开发了进口付汇报关单联网核查系统。1999年1月1日，该系统在全国推广使用，立刻收到了明显的效果:贸易顺差和顺收趋于平衡、“三假”走私案件减少，海关税收大幅增长。
全方位提供服务
海关、海事局、检验检疫局、边防检验局等部门需要用到电子口岸提供的功能，主要有四项:浏览船期预确报(《旬度计划》)、浏览货物装卸计划、浏览船舶在港状况、浏览货物装卸进度。根据需要，电子口岸为不同的部门提供不同的功能组合。
不仅如此，电子口岸还需要给船代、理货、引航等业务伙伴提供各种服务。为船代提供的服务有:提交船期预报，浏览船期预确报，浏览货物装卸计划，初始化船舶信息，浏览船舶在港状况，浏览货物装卸进度，提交引航信息，提交拖轮作业申请，查询船舶作业计划，查询船舶在港动态。为理货公司提供的服务有:查询船期预报，查询昼夜作业计划。
提高管理效率
电子口岸建设成功后，在三个方面提高了管理效率。首先，有利于增强管理部门的管理综合效能。企业只要与电信公网“一点接入”，就可以透过公共数据中心在网上直接向海关、国检、外贸、外汇、工商、税务、银行等政府管理机关申办各种进出口手续，从而真正实现了政府对企业的“一站式”服务。
其次，管理部门实行“电子+联网核查”的新型管理模式，使进出口环节的管理更加完整和严密。
再者，降低贸易成本，提高贸易效率。通过中国电子口岸网上办理业务，企业既节省时间，又减少奔波劳累之苦，提高贸易效率，降低贸易成本，方便企业进出。
总之，中国电子口岸是中国电子化政府的雏形，是贸易现代化的重要标志，是提高行政执法透明度，实现政府部门行政执法公平、公正、公开的重要途径。
服务企业
建设成电子口岸后，提高了服务企业的能力，主要表现在四个方面:
信息资源共享。以前，企业想要和政府部门联网，必须分别联网，政府部门之间数据不共享，联网的效果不明显。通过中国电子口岸，企业只要与电信公网连接，就可以透过公共数据中心在网上直接向海关、国检、外贸、外汇、工商、税务等政府管理机关申办各种进出口手续，各政府部门也可以在网上办理各种审批手续，从而真正实现了政府对企业的“一站式”服务。透过数据中心，企业还可以获得运输、仓储、银行、保险等行业的中介服务，企业间也可以进行联网，从而实现真正意义上的电子商务。
全天候、全方位服务。企业利用电信公网实现对公共数据中心的接入访问，企业在任何时候、任何地方，只要拨打本地电话就可以与Internet联网，并透过数据中心办理业务。
入网成本低。登录中国电子口岸网站，企业只须配备一些简单设备，数据中心提供免费的系统安装软件，比EDI 方式成本低。
简单易用。中国电子口岸以Windows操作系统为平台，普遍应用的IE等浏览器为工具，建立起和用户交互式的友好界面。系统提供一系列丰富的在线帮助和业务规范、操作指南查询，使用户轻松实现网上办公。
电子口岸采用联网综合管理的模式，增加管理综合效能，增强管理部门执法透明度，也方便了企业，提高了贸易效率，降低了贸易成本。