医疗卫生体制改革的成功，还需要医药流通体制改革的配合。在实行医药分业、改革以药养医体制以后，必须保证药品市场的有序运行，形成优胜劣汰的市场竞争机制和良好的医药市场流通秩序，从而使药品价格按照市场竞争法则自然降到合理的价位。
零售药店与药品市场的集中度
在发达国家，零售药店是患者购药的主渠道。实行医药分离后，应该将70%以上的药品通过药店销售，构建类似发达国家的医药生产流通模式，即“两头大、中间小”的哑铃型模式，形成以零售药店为患者购药主渠道的新格局。
同时，在发达国家，药品市场的集中度又非常高。例如，欧盟排在前三位的药品分销企业市场占有率为65%，日本排在前五位的为80%，美国排在前三位的高达96%。美国药品销售额占世界药品市场的份额超过40%，但药品批发商总共只有70家。日本药品销售额占世界药品市场的份额为12%，也不过才有147家药品分销企业。法国8家药品批发企业中，其中的3家市场份额高达95%。德国过去药品批发企业很多，现在只剩10家大的药品批发商，其中3家最大的占市场份额达60%~70%。国外大型医药公司年销售额一般都在20亿美元以上。由于药品市场的集中度相当高，这些国家对药品市场监管非常有序有效，而且监管的行政成本也比较低。
而在我国，目前已有流通批发企业1万多家，基本的特点是散、小、乱。为此，政府要通过政策引导，大力提高药品流通市场的集中度，以提高监管效率，降低监管成本。一是主管部门应严格按照GSP（药品经营质量管理规范）标准，清理淘汰一批没有经营资质和经营条件的药品销售企业。二是鼓励具有药品现代物流条件的药品批发企业，以产权、产品、市场网络为纽带，通过兼并、重组、联合发展，促进规范化、规模化，做大做强，培育和形成几个大型分销企业集团，并通过连锁经营等流通组织形式，建立覆盖城乡市场的药品销售网络。
构建药品流通的现代物流体系
在美国、日本等国，都建立了信息化、自动化和标准化程度很高的药品现代物流配送系统。美国以大型制药和批发企业为轴心,日本以社会共用物流配送中心为平台,使生产、流通和医院等环节的药品库存量大为减少,有的企业甚至达到“零库存”,大大降低了药品的流通费用,加快了资金流通速度。最为重要的是,药品如果不进入物流配送体系,就不能进入市场,而药品如果不实行标准化生产和包装,就不能进入这个体系,这就使药品流通的安全性大大提高。以此为借鉴，随着现代物流业的发展，我国医药流通体制改革和医药流通业发展的方向，必须是构建医药流通的现代物流体系。
一是减少流通环节。鼓励大型批发企业跨地区兼并市、县级批发企业，将市、县级批发企业改组为区域性基层配送中心。二是加快建设药品流通全国统一市场。三是形成现代医药物流体系。四是大力发展医药电子商务。
改革和完善医药招投标制度
在对药品批发零售企业进行整顿重组的同时，要改革和继续完善药品集中招标采购制度。我国实行药品招标制度本身没有问题，之所以受到非议，是实施中的偏差，在一些地方走了形式。因此，各地主管部门要在医药分离的新体制下设计和规制药品招标活动，加强对集中招标采购全过程的监督管理，规范各个环节的运作。
一是制定药品招投标采购规则，严格界定招标主体。按照目前相关的药品招标规定，医疗单位一直是招标主体，但它既是招标规则的制定者，又是执行者，药企是招标中的被动接受者，两者地位不对等，形成了医疗机构“单赢”的格局，背离了“三公”原则。不仅如此，在以往全国各地的实际操作中，招标主体其实是“五花八门”。招标组织机构一般由卫生部门主导，发改委、卫生部门、药监部门、纠风办、工商局等政府部门参与，形成了政企不分、政事不分的混乱格局。更为严重的是，虽然是多部门参与，但真正的“埋单”者缺位，而由各部门组成的临时招标采购委员会和监督指导委员会组成。这样，招标工作一完成就解散，至于招标后的药品医疗机构是否接受，无人过问，实际上等于没人负责。所以，招标后的药品，企业仍然需要向医疗机构“攻关”，致使招标形同虚设，而变成了多出的一个环节，厂家医院都不满意。为此，改革和完善招标制度，就需要将招标规则的制定者与执行者分开，招标与投标两者具有对称的谈判地位，实现“双赢”。国家主管部门要制定招标规则和出台相关的法规政策。医疗机构、药店等作为招标主体，是招标规则的执行者，可以自己组织招标，也可以委托专业化的市场中介机构招标。
二是规范和发展专业化的市场中介机构。社会招标中介机构不应成为新的一道药品经营环节。要培育和发展一定数量的专业化市场中介机构，以形成市场竞争格局，而不是主管部门或医疗机构指定的一家垄断性的组织。
整顿和规范市场秩序
药品是一种特殊商品，危及人民群众的生命安全，政府主管部门必须切实履行职责，强化对药品市场的监管，对违法违规行为依法严厉查处。
一是建立健全有关药品的法律法规，对不正当的生产、经营、销售行为，应视其为违法予以打击。尤其是在药品广告方面，政府要更加严厉地禁止药品厂商一边向公众提供夸大功效的广告，一边暗中大肆提高药价的歪风，大力规范药品的广告宣传。同时，加大社会舆论对药品流通的监督，减少信息不对称对消费者的误导。
二是加快推进药品电子政务，使药品监管流程透明化。对药品生产企业、分销企业和医院，全面推进信息化管理，向社会公开有关法律法规、制度规定、经营环节、药品价格和收费项目价格制定过程等，实行公开透明的管理方式。
三是坚持一视同仁，实行公平竞争。让国有药店、民营药店、“三资”药店等都能实行公平竞争，而不是歧视性待遇。