2005年以来，电子商务被认为是互联网最具发展潜力的领域之一，但网上安全支付问题一度成为电子商务快速发展的瓶颈。
据了解，过去在网上购物，用户填写账户名和密码的时候总担心密码可能被破解；面对陌生的卖家又担心对方的真实身份；还可能因为网络钓鱼和木马病毒等恶意软件被盗骗钱财。事实上，利用电脑病毒、木马程序以及钓鱼邮件和网站等高科技手段盗窃用户账号和密码的新型犯罪层出不穷。根据CNNIC的最新调查，网上交易以其便利、经济等优点逐步得到人们的认可而发展迅猛，网上支付已经成为网络购物的主流支付方式。但在中国，根据社科院《2005年中国电子商务市场调研报告》中数据，目前国内有过网上购物体验的网民多达7914.3万，但其中通过网上支付购物的却不足3000万人。2005年11月，中国金融认证中心对国内10个经济发达城市调查显示，网上支付未被接受因为68.7％的网民表示担心网络不安全，从而不敢在网上购物。
网上安全支付问题无疑成为中国电子商务快速发展的最大障碍。
面对严峻的形势，为推进网上支付行业的发展，支付宝与公安部、信息产业部和国家密码管理局等权威机构认可的数字证书系统提供商合作，在第三方支付领域率先引入了数字证书来保障用户网上支付的安全。
据支付宝公司介绍，支付宝的数字证书相对于目前国内所有第三方认证公司采用的认证形式来说大大提高了安全性，其作用类似于司机的驾驶执照或日常生活中的身份证，用户可以在网上用它来识别对方身份的惟一性，而且从技术上摆脱了普通6位密码验证，改以1024位加密的数字签名技术。此外支付宝数字证书是完全免费的，我们通常办理的银行电子证书花费10元，而美国Verisign的个人数字证书价格为19.95美元(人民币161元)。
事实上，数字证书已经成为目前解决身份认证和网络安全问题的较佳办法。去年10月中国人民银行颁布的《电子支付指引(第一号)》明确鼓励用户办理数字证书等安全认证，从用户端减少风险。
支付宝方面表示，支付宝对所有使用支付宝的卖家至少进行了双重身份认证，即身份证认证和银行卡认证。除了与公安部全国公民身份证号码查询服务中心合作校验身份证的真伪，支付宝还与各大商业银行进行合作，利用银行账户实名制信息来校验用户填写的姓名和银行账户号码是否准确，摒弃了某些购物网站仅凭一个手机号码或者身份证号码进行简单认证的模式。支付宝公司还在国内率先推出了“全额赔付”制度和交易安全基金，网络欺诈发生率仅为万分之二。