根据目前我国农村社会经济发展的特点，推进我国农业信息化，保证我国农业信息化的健康发展，要处理好以下几个方面的问题。
首先，政府信息化职能转变的问题。根据目前我国农业信息化的推进情况，我国主要采取了以政府为主导的农业信息化推进模式，这种推进模式在农业信息化的早期是必要的，但是根据我国农业信息化的发展来看，我国农业信息化已经超越了单纯依靠政府推动的初期阶段，进入到了政府引导与农民参与的推进阶段。在这一阶段，政府如何从包办式的推进模式中走出来，加强自身引导职能的建设是未来推进我国农业信息化所面临的主要任务。与包办式的信息化推进模式相比，政府在信息化的过程中不仅需要有资金的投入，更需要有政策方面的支持，通过各种形式的宣传与鼓励措施，促进农民以及相关各方积极参与到农业信息化的建设之中。经过相关部门十多年的努力，我国农业信息化的基础设施已经初具规模，相关农业网站与涉农信息资源系统也已经有了一定的基础。因此，现在阻碍农业信息化的关键问题不是基础设施的建设问题，而是农民参与信息化建设的问题，是调动与鼓励农民信息化的积极性问题。
根据我国农业信息化的推进情况，政府依然是信息化的推进主体，应该建立各种扶持农业信息化的专项基金，作为种子基金鼓励各种农业信息化建设工作，而不是政府作为投资主体，直接参与农业信息化的建设。
其次，重新组织农村社会，实施信息化主体建设。农村社会是与城市社会相对而言的一个乡土社会，与城市的社会相比，社会主体的受教育程度不高，社会的组织化程度较低，具有较大的保守性与封闭性。因此，农业信息化与城市信息化、企业信息化的推进模式不同，农业信息化在更大程度上是农村社会结构的调整问题，是农村信息化环境的建设问题。具体到农业生产而言，我国的农业生产结构基本上以小规模、分散经营的单个农户为主，而农产品市场是一个与国际市场接轨的大市场。如何利用现代信息技术解决我国农业生产中的小生产与大市场之间的矛盾，是我国农业信息化所要解决的一个重要问题。因此，对于目前我国农业信息化而言，更主要的是农民的信息化，是农民对信息的吸收和掌握能力。
第三，政府涉农信息服务资源的整合问题。在目前我国的行政管理体制下，仅在中央层面上的涉农政府部门就多达20多个，因此如何整合这么多部门的信息资源，以便更好地为农业信息化服务就成为了目前我国农业信息化所面临的又一个重要问题。而且由于这些涉农信息资源部门具有各自的行政职能，这样就给农业信息化资源的整合造成了难以克服的困难。加之由于我国幅员辽阔，农业信息化需要的信息资源具有较大的差异性和多样性，这也就为涉农信息的生产与流通、信息化标准与评价体系的制订造成了不少麻烦。农村综合信息服务平台的建设就是对政府资源整合的一种有益尝试，通过这种综合资源、技术、管理为一体的综合服务平台的建设，实现对农业信息化工程的高度集成。这样的集成不仅有利于推进农业信息化，而且还可以促进各相关部门信息资源的共享，同时也有利于政府对农业信息化工作集中、统一的监督和管理。
最后，农业信息化需要提高农村社会自身的信息生产能力。信息社会的一个显著特征不仅是信息的生产与流通速度的加快，而且更在于通过信息渠道，促进社会各主体之间作用形式的变化，推动社会各主体的交流与互动。目前我国农业信息化主要是单向的，即信息资源主要是从城市向农村传播，这样的单向信息传播模式，不仅很难调动农民参与信息化建设的积极性，而且也不利于城市信息源对农村需求的真正了解，以使信息源能够生产农村迫切需求的信息，并以最容易被农民接受的方式传递给农民。农业信息化绝对不应该是农村的城市化，或农业工业化的代名词，而是有其特定的意义和价值内涵。
农村社会信息资源的生产，不仅是农业信息化的要求，同时也是农业信息化发展的结果。农业信息化的目的就是要把农村社会卷入到现代信息社会之中，使农民能够享受信息生产、传播与消费等方面的方便与快捷，同时也促进社会各群体之间的交流，推进和谐社会的建设。农村作为一个社会有机体，其自身具有其独特的生产生活特点，也有自身独特的价值认同和行为规范，因此农村信息资源的产生还可以提高农村社会的凝聚力，推进社会主义新农村建设。同时，农村信息资源的生产也要激励农民参与，使信息化成为农民生产生活中的一个有机组成部分，是建设信息化新农村的应有之举。