随着我国改革开放和世界经济一体化进程的发展，国内经济与交流活动迅速增多，人群流动日益频繁。人群流动对社会进步和经济发展产生了积极作用，但也为疾病的爆发与传播创造条件。同时，环境污染、气候变化、自然灾害等问题，都对人民生活产生了威胁，特别是突发公共卫生事件的出现，不仅会影响我国经济发展和居民生活，也对我国原有公共卫生体系和突发公共卫生事件的应对能力提出挑战。因此建立覆盖全国、纵横交错的公共卫生信息网络，建立统一、高效、快捷、准确的疫情报告系统、应急指挥系统和执法监督系统，有效应急各地重大突发公共卫生事件。突发公共卫生事件应急指挥与决策系统项目是整个卫生信息化建设的一个重要组成部分，也是建立和完善突发公共卫生事件应急反应机制的重要内容。
国家突发公共卫生事件应急指挥与决策系统的建设是一项系统工程，涉及政策、业务规划、组织、制度、流程、基础环境、技术保障、信息系统等各方面内容。核心包括指挥体系与应急机制建立，技术平台建设，应用软件系统建设，信息管理与维护制度建设。作为此次项目的总承包商，为确保项目达到预期的目的，太极本着实用性、可靠性、经济性和先进性的基本原则，在系统整体架构的设计中以突发公共卫生事件应急处理为中心，以信息技术为重点将指挥中心的建设分解为应用系统与技术平台两个层面，并将技术平台进一步分解为基础设施、指挥技术环境与指挥信息中心。并将在此基础上完成国家公共卫生信息系统基础网路的建立和完善、疫情和突发公共卫生事件监测系统、医疗救治信息系统、卫生监督执法信息系统和突发公共卫生事件应急指挥中心与决策系统的建设任务。