从编制并发布实施《国内贸易发展“十一五”规划》，到制定并发布《农村市场体系建设“十一五”规划》，再到起草的《城市商业网点管理条例》纳入国务院2006年一类立法计划，2006年商务部以各项规划统领工作全局，进一步加快了建设统一开放、竞争有序的社会主义现代市场体系的步伐，市场体系建设工作在“十一五”开局之年取得了积极进展。
为解决农村消费“不安全、不方便、不实惠”的问题，商务部深入推进了“万村千乡市场工程”，全力构建农村现代流通网络体系。2006年在全国建设连锁农家店超过10万个，拨付地方补贴资金5.3亿元，带动地方和企业投资约117亿元，扩大农村消费约600亿元。2006年底连锁农家店累计超过16万个，覆盖全国63％的县。
启动了“双百市场工程”即优选100家辐射面广的大型农产品批发市场和100家有实力的大型农产品流通企业，支持其建设或改造配送中心、仓储、展示交易中心、质量安全、检验检测、废弃物处理及冷链系统等。2006年已安排5亿元外贸发展资金进行支持，使农产品现代流通体系建设起来。
开展了以“连锁进社区，服务进家庭”为主要内容的社区商业“双进”工程，解决部分社区消费“不方便、不放心”的状况。目前，已确定了59个全国社区商业示范社区和386个省级示范社区，并提出工作方案和任务，完善了城市社区商业服务。
为保障流通领域食品安全，商务部会同12个部委联合实施以“提倡绿色消费、培育绿色市场、开辟绿色通道”为主要内容的“三绿工程”，努力建立健全流通领域食品安全保障体系。联合交通部、公安部等部门，积极推动鲜活农产品流通绿色通道网络建设，努力解决农产品进城难、销售渠道不畅等问题。
商务部起草了《商业特许经营管理条例》，制订了规范连锁经营采购进货管理的部门规章，促进了连锁企业的发展。同时，积极发展现代物流。商务部积极推动国内物流园区建设，构建适合现代流通业发展的物流体系，并推动跨国界的物流合作，落实并完善了中日韩流通及物流合作机制，制订了大湄公河次区域（GMS）物流合作机制方案。此外,推广和应用电子商务。商务部起草了《关于加快内贸流通领域电子商务发展的指导意见》，明确新时期电子商务工作的目标、任务和政策措施，指导地方在内贸工作中应用电子商务；发布了《中国电子商务发展报告》，筹建了电子商务统计体系。
打破行业垄断和地区封锁。为了推进国内统一市场的建设，商务部继续会同国务院法制办、监察部、财政部、交通部、税务总局、质检总局等部门，在此前工作的基础上，完成了清理地区封锁规定的后续工作。在此次清理中，共审核文件51.4万多份，清理含有地区封锁内容的文件385份，涉及肉类、酒类、烟草、建筑等30多个行业（产品）。
整顿和规范市场秩序。举办了中国保护知识产权成果展览会，在全国50个中心城市建成了举报投诉服务中心，开通运行了中国保护知识产权网站和35个地方子站。会同高检院、公安部、监察部联合印发了《关于在行政执法中及时移送涉嫌犯罪案件的意见》，加强整规工作中法制建设和执法衔接。
建设城乡市场信息服务体系。组织修订了生活必需品、重要生产资料、重点流通企业及茧丝绸行业统计监测报表制度，直接监测样本企业11435家，监测网点覆盖31个省区市、285个地级市、318个县，监测商品包括600种消费品和300种生产资料。
建立健全市场应急和调控机制。商务部建立了中央和地方两级储备制度，增加了储备肉、边销茶储备数量。完善应急预案，建立了应急商品数据库，应急商品44种，提供商品的定点企业覆盖了全国各省（区、市）。
在法律体系建设方面，商务部提出并完善流通法律体系框架方案，初步确立以市场主体、市场行为、市场秩序、市场监测调控与管理及信用管理法律制度为主要内容的流通法律体系建设目标。《反垄断法》和《融资租赁法》已完成起草工作并上报。颁布实施了《直销管理条例》。起草并上报了《城市商业网点管理条例》等5部行政法规。颁布实施了《零售商促销行为管理办法》、《零售商供应商公平交易管理办法》等16部部门规章。同时，建立和完善商贸流通标准化体系。会同有关部门编制了《全国服务标准2005年－2008年发展规划》、《全国物流标准2005年－2010年发展规划》等。
根据商务部制定并发布《农村市场体系建设“十一五”规划》，到2010年，“万村千乡市场工程”农家店覆盖85％的乡镇和65％的行政村，全国县及县以下社会消费品零售总额达到3.5万亿元，年均增长约10％，初步形成以乡村零售网点为基础，以大中型批发市场和连锁配送中心为骨干，以各类农村流通合作经济组织和大中型农村流通企业为主体，农产品、消费品和农业生产资料市场均衡发展，城乡市场相互融合、内外贸易紧密联系、组织化程度较高的农村市场体系。
在商务部编制并发布实施的《国内贸易发展“十一五”规划》中，2010年我国将建成法制健全、体制完善、发展协调、秩序规范、结构合理、方式先进、组织化程度较高的现代市场体系，进一步增强流通对拉动消费、引导生产、扩大就业和提高经济运行效率的作用。