在取得巨大成就的同时，我国电子政务出现了一些不成功的建设模式，如：将资金全部用于自身政务建设，与外界无便捷信息交换的“孤岛型”电子政务；照搬国内外经验和先进技术，无法应用的“克隆型”电子政务；不顾自身实际，盲目超前的“冒进型”电子政务。具体建设过程中暴露出的问题更多，如：电子政务只是政府为了方便办公和内部管理而进行的改造，不是为了群众更好利用政府服务而进行的改革；电子政务建设过程中无绩效分析及评估，巨大的投入没有带来合理的产出，造成有限社会资源的浪费，甚至引起贪污和腐败；老百姓不能充分参与和使用，失去电子政务成功的基础；信息采集和处理以及信息资源的开发和利用不当，使电子政务成为摆设，失去建设电子政务的意义等等。
笔者认为，要解决这些问题应从以下方面进行努力：
一、明晰核心指导思想，建设有效政府
上述问题的产生,根本原因在于对应该通过电子政务建设达到什么样的改革目的心中无数。在我国政府改革过程中，理论和实践工作者对“大政府，小社会”还是“小政府，大社会”长期以来充满争论，对政府职能、政府行为和政府规制的理解存在分歧，使得改革经常在“过头”还是“不及”之间摇摆，在电子政务建设中也经常可以发现这些疑虑和争论，给我国政府改革和电子政务的推进带来了阻碍，必须加以解决。
正如戴维·奥斯本和特德·盖布勒在《改革政府》一书的序言中所言，“今天我们问题的根本之处不是政府太大或者政府太小；而在于我们政府的类型错了。……我们需要更好的政府治理。”世界银行于1997年在世界发展报告《变革世界中的政府》也指出，经济和社会的可持续发展所需要的，既不是“小政府”，也不是“大政府”，而是有效政府。在过去的一个世纪中，政府的规模和职责范围大幅度扩大，全世界政府的规模和管辖事务范围都极度扩张，政府影响的极大增长使得问题的重点从数量型转向质量型，即从政府的规模及其干预措施的范围转向满足人民需求的有效性上来了。我国改革开放以来，前期的重点是经济体制改革,政府机构改革是配合经济体制改革而开展，而目前的重点已经转移到政府改革,要以政府改革来巩固其它方面改革的成果和推动其它方面改革的进一步深入。面临体制转轨、经济全球化和信息科技革命的多重压力，电子政务的实施可以帮助中国政府加快实现这个转变。
在我国电子政务建设中，政府部门必须运用先进的电子信息技术手段，实现政务信息数字化、政务公开化、办公高效化、服务网络化。随着电子政务的深入推进，政府机构运用现代网络通信与计算机技术，将其内部和外部的管理和服务职能按照可能与高效原则经过优化整合、重组后在网络上实现，打破时间、空间及部门分隔，为社会公众提供高效、优质、廉洁的一体化服务，使政府不再“错位”、“缺位”和“出位”，从根本上解决“政府能够干什么”和“应该如何去干”的问题，真正建立起一个有效政府。
二、顾客导向，还政于民，建设服务型民主政府
电子政务为政府服务，为企业服务，最终还是为老百姓服务。为此必须在政府工作中强调“顾客导向”、服务意识和民主精神，建立将所服务的公众视为“顾客”的意识，在系统规划、模块构建、功能设计和服务提供上多考虑公众需求，克服过多地重视政府内部和对社会监管这两方面的信息化而忽视对社会公共服务的倾向。政府必须进行服务创新,使服务更快捷方便、畅通、公平,具有更高的附加值。必须通过运用计算机网络等信息技术手段，加快推进政府管理体制、管理观念、管理方式和管理手段方面的根本转变，真正实现政府职能向宏观调控、社会服务、公共管理和市场监督的转换，实现社会利益的最大化。
同时，电子政务的超地域、全天候、虚拟性和开放性特点，使行政组织结构扁平化、运行智能化，提高了政府治理的反应能力和社会回应力，推进政府职能由管制型向服务型转化，政府不再是治民或为民做主,而是转变成为民服务,让人民自己做主。由于互联网带给公众参政机会和平等感，降低了政治参与成本，打破信息流通瓶颈、畅通信息渠道，丰富了政治参与的途径，提高了公众的参与意识和参政能力，使公众有效监督政府决策,促进政府勤政廉政,切实推进民主进程，真正建成“阳光政府”、“法制政府”、“服务型政府”。
三、系统规划，创造环境，建设“掌舵”型政府
电子政务是一项复杂的系统工程，政府的宏观引导非常重要，缺少整体规划会造成不可弥补的重大损失。美国、英国和澳大利亚等电子政务建设先进国家在国家层面上都有切实可行的发展战略，电子政务已成为政府总体战略的一部分，并将电子政务战略规划与预算安排和监管结合起来, 以确保规划的实施。我国2002年公布的《国民经济和社会信息化专项规划》和《关于我国电子政务建设的指导意见》，未能对地方政府电子政务建设中一些关键问题做出明确规定，导致当前电子政务发展中各地方、各部门各自为战、各搞一套的现象出现，影响互联互通，还导致大量的重复建设。在《指导意见》的基础上, 国家电子政务的领导部门应该对不同层次的电子政务做出相应的具体规划，并以此作为各级地方政府特别是那些缺乏电子政务规划能力的地方政府的规划依据，以体现国家电子政务的权威性和统一性，解决地方电子政务建设的混乱局面。
要创造良好的建设环境，有几件事情要做:
1. 要修改相关的政府组织法，进一步理顺条块关系, 对本级政府与实行垂直管理的同级行政管理部门之间的协作关系做出明确规定，消除“信息孤岛”，实现资源共享；
2. 要加快政府信息公开法、电子文件法、电子交易法、数据保护法等电子政务相关的法律法规建设步伐；
3. 要按照2004年公布的《国家电子政务标准化指南》要求，清理、确认和制订与电子政务有关的国家和地方标准如数据标准、技术标准和安全标准等,开发标准化的应用系统模块，促进地方电子政务建设的标准化、规范化；
4. 要改进电子政务的实现方式，从外部而不是从内部推进电子政务,借助社会力量驱动电子政务前进。
四、结果导向，效益优先,建设高绩效的电子政务
CCW Research研究表明，2003年中国电子政务建设政府投资总额达332.1亿元， 2004年为408亿元人民币。吴邦国曾指出：“能否取得实效，是衡量信息化是否成功的关键，也是信息化工作的最终标准”。作为政府信息化工作重心的电子政务建设，如此巨大的政府投入，必须要有合理的产出，才能对人民有所交待。
要避免只追求规模而不注重效果的盲目建设，或一味用社会效益来掩盖其他问题，防止电子政务建设成为新的“政绩工程”，提高电子政务绩效和电子政务建设成功率，就要做到：
1. 要全面推行项目监理制度。除国家重点电子政务工程外，地方的电子政务工程也要有相应资质的监理单位实施监理，可以使政府部门在项目审批和支出方面趋于理性化，更为有效地控制电子政务项目建设成本，降低风险；
2. 要切实执行公开招标制度，排除“暗箱操作”，重视成本核算，防止财务腐败和权力“寻租”；
3. 要按用户尤其是最终用户的价值观进行评测，强化结果导向的工作考核体系，提高目标的可测量性，除社会效益外也考虑电子政务的经济效益；
4. 要加强对公务员的培训与选拔，通过人力资本的提升发挥电子政务的最大运行效用；
5. 要对政府进行流程再造，实现新的治理模式，降低政府运行成本，提高工作效率，避免固化或强化现有的政府工作和组织结构中的不合理因素。