一方面，简单的供求信息、行情资讯、广告服务和建站服务依旧在行业电子商务网站业务中占据主要比重；另一方面，行业电子商务网站数量迅猛增长，资源整合工具不断出现，行业电子商务既有的业务和赢利模式将面对激烈的行业内竞争。
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恶性竞争有可能在行业电子商务网站的传统业务上大面积出现。行业电子商务网站为客户提供信息、资讯、推广等服务，属于信息+推广式的服务平台。为吸引客户，大部分行业电子商务网站一般都为行业客户提供了免费发布、检索各类供求信息的服务。在此基础上，再发展一批收费会员，为其提供制作企业网站服务、承揽网络广告等；行业电子商务网站的这种业务模式相对比较简单，因此在行业内部形成普遍的模式复制现象，同时，行业外部的一部分企业利用互联网技术工具提供全网的搜索服务，利用互联网中廉价的劳动力压低建站等技术服务价格。第三方电子支付零利润抢占市场和几百元帮助企业建设网站的现象值得警示。大量行业电子商务网站消亡或被边缘化极可能出现在以传统业务为主的行业电子商务网站中。
业务老化导致网站发展触及“天花板”。所谓天花板效应是指房间的容量会受到天花板高度限制。目前，大部分行业电子商务网站主要获得利润的空间还是广告市场、建网站服务市场和供求信息发布市场。行业广告市场具有一定的容量限制，并且电视、报纸和杂志等传统媒体始终要占据相当一部分市场份额；简单的建设网站服务通过几年的快速发展，有形市场已经出现饱和迹象；在供求信息方面由于多家网站的同领域叠加样式竞争，同样面临天花板。临近天花板后，网站从总体经营上将会出现客户忠诚度降低，利润下滑，增长速度趋缓。如果不开拓新的业务，企业将无法突破规模限制，在触顶后逐步衰退。
调查走访显示，一部分以传统业务为主营收入的网站已经出现了以上天花板现象。
信任危机已经有所表现。20世纪90年代创建的行业电子商务网站大都受到过“是否是骗子”的质疑，2004年后，会员企业获得了电子商务带来的订单，行业电子商务网站成为中小企业尊重的服务商。
本次调查显示，58%的行业电子商务网站认为自己在行业中处于领导者地位，大多数行业电子商务网站都会在对外宣传资料中称：“XXX网站是XXX行业最大、最权威的门户网站..…”，更有甚者，一个成立不足三年的网站称自己是该行业全球最大的门户网站，随便点击进入某网站中的“关于我们”，便可以看到一个个“势力雄厚”的“行业之最”。夸大实力似乎已经成为了行业电子商务网站中的一条“潜规则”。某网站CEO在接受走访中提到，我们是不想吹牛，可是大家都在吹牛。
另外，利用中小企业电子商务热情误导投入的情况也时有出现，某些网站急于通过规模扩张提高发展速度，通过营销手段误导企业过度投入，超前投入，甚至加入到中小企业非常陌生的电子商务和互联网产业炒作领域。
不规范，不诚信的业务，导致中小企业遭受经济损失，将直接影响到中小企业深度开展电子商务的积极性，破坏产业赖以生存的产业环境和产业形象。
2．行业结合度不强的服务将导致竞争优势流失
调查显示，行业电子商务网站分布在40多个范围不等的行业，与2006年相比，呈现出向细分行业发展的明显趋势。
2003年，某行业电子商务网站高层在接受媒体采访时提到：“行业电子商务网站的赢利模式并不神秘，主要有两个支撑点：一是会员费，二是广告费”。时隔三年，竞争压力下的行业电子商务网站开始进入细分行业，但是，相当一部分依旧没有脱离以上业务定势。
每一个细分行业都有其特殊的行业特点、不同的交易方式和不同的交易需求。例如：价格波动频繁，交易量大的石化行业对行情的需求比较迫切，机床产品则难以完全通过网络实现洽谈和交易，塑料产品物流环节需要重点控制，钢铁行业对周转资金需求量大，危险品的进出口贸易需要电子商务进行全程跟踪等等。
行业电子商务网站一定要根据所专注的行业及其自身的特点和优势，不能盲目去模仿、照搬，应该准确定位个性化业务，找到属于自己的独特模式。行业电子商务网站由过去单一模式向多种模式发展，纵深化、个性化，以及同业之间的差异化发展，行业结合度将成为竞争的决定性因素。
根据细分行业中企业的个性化需求，制定业务框架和可实现的赢利模式将是行业电子网站发挥细分行业优势的基础，反之，则很快被上一级行业服务网站或综合性行业服务网站所吞并。
3．创新错位带来经营风险
2005年预热，2006年高温的行业电子商务创业热潮中出现了许多创新的探索，27.5%的网站期待通过业务创新实现发展，业务创新也将是推动行业电子商务网站发展的主要措施。但是，在面向行业企业服务的电子商务创新一定要注意贴近商务需求的业务创新，避免过度强调技术创新。
网站开展的业务创新一定要考虑到中小企业电子商务需求提升速度缓慢的特点。我国中小企业的互联网和电子商务综合应用水平很难在短时间内飞速提升，绝大部分中小企业80%左右的业务仍旧来源于线下。从发信息到建网络商铺，从建设网络商铺到在线洽谈和交易，中小企业的应用深化进程还很长，创新一定要清醒地认识到网站所服务的客户群体电子商务应用水平，准确创新，准确满足和引导需求。
调查小组认为，建议行业电子商务网站经营者慎重对待如下三类创新。1、流于形式的创新：照搬其他成功网站（包括非电子商务网站）的成熟服务，不加差异化改造地集成到自己的网站上，完成本网站业务的创新。2、偏离商务需求的创新：过分强调互联网技术和概念，脱离本行业企业商务实际操作，开展以技术为牵引的业务创新。3、简单的资源整合创新：通过资本运作和简单的横向结盟实现业务创新，难以形成强有力的竞争优势。
调查小组建议行业电子商务网站在开展业务创新的同时，加强内部管理和客户服务方面的创新，综合提高网站的创新竞争力。