“电子商务网上支付业务”是目前电子商务网站与商业银行开展的一项相对成熟的业务合作。这类产品通过银行支付网关与电子商务网站对接，提供与交易订单紧密捆绑的在线支付服务，使买家通过网上银行安全、轻松地完成在线交易和支付；同时能帮助电子商务网站合理、安全、便捷地实现了电子商务的全过程在线交易。
目前，几乎所有的国内全国性商业银行均能够提供面向C类（个人客户）客户的网上支付产品，但同时能提供B类（企业客户）客户的网上支付产品的银行却为数不多。与此同时，各大媒体频频出现银行与专业的电子商务网站合作的消息：工行联合搜狐、腾讯、联众、云网、淘宝、盛大等50家国内著名电子商务企业等业务开展合作；农行杨明生行长在杭州与阿里巴巴公司的马云签署了B2B网上支付协议；招商银行也针对电子商务企业推出了“一网通4＋3”电子商务综合解决方案，浦发银行与阿里巴巴、浙江钢铁网、东方钢铁在线等国内知名网站的全面战略合作。
一位金融专业人士这样理解银行就此业务蜂拥而上的现象：2006年后我国的大门向国外商业银行敞开，无论银行机构多还是少、规模大还是小、实力强还是弱、进入市场的时间早还是晚，都将与各大银行站在同一起跑线上。银行可以通过发展电子商务，抢先占领市场，争夺优良客户群体。通过发展电子商务，可以拓展业务新领域，优化组织结构与人员结构，推动银行业务流程再造，优化银行经营、管理、服务过程，促进股份制改造，最后达到拓展服务渠道、降低交易成本的目的，这是银行未来发展的方向。
其实，商业银行认识到这一点并开始积极行动也是近两年开始的，2005年起，浦发银行涉入了电子商务金融服务领域的研究，首创推出了专门服务与电子商务领域的集网上支付、交易资金托管与贸易融资为一体的B2B电子商务金融整体解决方案，这应该是最早与国内最大的B2B电子商务网站———阿里巴巴成功合作B2B网上支付业务的商业银行，而此后，工商银行等都纷纷加入与电子商务平台合作结盟的队伍中来，而工行也是当时国内四大银行中惟一和电子商务网站签署的战略合作协议的。
事实上，电子商务的发展，受益最大的是银行，在三种流通（信息流、资金流、物流）当中，最重要环节是资金流动，目前电子商务客户交易资金的支付清算主要有两种实现模式：一是通过电子商务网站自行办理客户资金支付清算；二是引入第三方支付公司，由支付公司作为中立的一方，承担资金的保管和支付清算。这两种模式客观上都存在客户交易资金被挪用的风险。由于网站和支付公司本身的公信力和资金实力较弱，很难保证客户交易资金安全以及一旦发生巨额人为损失时对客户进行有效补偿。另一方面，随着网站注册用户的增多以及日均成交量的增长，网站的资金清算压力和清算差错风险会越来越大，这也将影响到客户资金的安全。所以国内一些商业银行与电子商务网站进行了一些业务合作，希望通过银行的公信力和外部监管来增强网站的诚信度，降低网站会员的交易资金风险。
一位银行业内人士表示，客户资金安全以及由此引生的电子商务诚信问题一直是困扰电子商务发展的一大障碍。目前电子商务客户交易资金的支付清算有两种实现模式，一种是网站自主办理客户资金支付清算，另一种是引入第三方支付公司，由其作为中立的一方，承担资金的保管和支付清算。但这两种模式客观上都存在着客户交易资金被挪用的风险，客户的资金安全得不到有效的保障；同时，随着网站注册用户的增多以及日均成交量的增长，资金清算压力和清算差错风险会越来越大，这也将影响到客户资金的安全。
银行信用要远远高于企业信用，因此，当银行介入电子商务，作为独立的第三方负责客户交易资金的支付、清算和保管，无疑要比网站和第三方支付公司更易获得市场的认可。而现在银行都非常注重提高中间业务收入占比，许多银行大力拓展电子银行服务，作为提高中间业务收入的一个重点，我们认为，将会有越来越多的商业银行更深入地参与到电子商务市场中来。