当前，审计信息化建设中主要存在如下几个问题:
一、高技术与低效益并存。审计信息化建设和发展不仅仅是信息和网络技术在审计工作中运用的问题，更重要的是审计管理思想和观念的转变。近几年来，有些审计机关对计算机审计在部分领域如金融系统实施情况期望值偏高，在某些审计环节不切合实际，过多地强调应用计算机审计手段，重设备配置，对审计软件开发和推广应用办法不多，效果不明显，忽视了改革和创新审计方式方法，没有真正把审计信息化建设作为改进审计管理方式方法的前提和基础来抓。其结果导致部分单位审计信息化建设是建立在效益低下基础上的，出现高技术与低效益并存的局面。
二、高投放与低产出共存，审计成本不断攀升。目前，各级审计机关都在不断加大对审计信息化建设的投入，尤其是硬件的配置不断更新，但是设备和信息利用程度及使用效益却不高，部分审计人员的计算机应用水平仅停留在办公自动化和收集信息、检索资料等阶段，没有发挥其应有的作用，缺乏审计现场应用和审计资料的整理、归纳，使得计算机网络管理、分析、数据处理等功能没有充分发挥出来，造成资源浪费。
三、审计业务与信息化发展的不一致。目前，有些审计机关面临的一个较大的问题是审计业务水平与信息化水平不匹配，与审计信息化建设和发展的要求不相适应。一部分审计干部由于年龄偏大，业务老化，知识结构单一，对开发应用计算机不感兴趣;有的审计干部仅满足于办公需要。而在审计过程中，由于要求不到位，软件开发滞后等原因，没有真正应用起来;还有部分人员把传统的手工操作业务搬到计算机上操作后，不愿在审计业务基础建设方面多下功夫。
四、设备闲置与紧缺现象并存。审计信息化建设和发展是一个完整系统。尽管审计署近几年来制定了审计信息化建设的发展规划，但在审计软件开发过程中，各单位各行其是，开发了一些相互独立的审计软件。由于信息没有共享，缺乏沟通，各单位采用的审计软件没有统一，造成各应用单位自成体系，重复投资开发，设备闲置和紧缺现象并存。
五、人才短缺。近几年，审计系统在信息化建设过程中硬件设备投入较大，但是在审计管理信息化过程中，人是第一位的。虽然审计系统近几年通过各种途径大力开展计算机知识培训，通过"竞争上岗"、提高"进入门槛"等方式优化人员素质结构，审计系统人员的整体素质有了一定的提高，但目前真正具有较高计算机应用水平的人员并不多，既精通计算机编程又熟悉审计业务的复合型人才则更少。同时，由于计算机技术的飞速发展与知识更新培训的不足，不少审计人员的计算机应用水平及相关技能无法得到同步提高，计算机应用仍停留在较低水平上，计算机功能也没有得到充分发挥。
审计信息化建设和发展关系到我国审计事业的兴衰，体现着我国审计事业发展水平。为此，针对以上问题，笔者建议:
第一，必须在人才引进和培养上有所突破。推进审计信息化建设，必须要用计算机知识武装广大审计干部的头脑。首先要拓宽育人、用人视野，要"不拘一格选人才"。其次要在抓好业务骨干培训的同时，继续抓好重点计算机知识培训，要完善培训制度，加强与审计业务和专业软件相关的针对性培训，以提高审计人员的综合素质中的科技含量，为审计信息化建设提供人才支持。
第二，正确处理审计工作创新与审计信息化建设之间的关系。目前，在部分审计机关中还存在着一种审计工作创新就是计算机审计应用的简单模糊认识。工作中片面地要求在所有工作场合都要开展计算机审计，并将其作为一种内部考核形式固定下来，造成审计现场计算机审计"有条件的要上，没有条件创造条件的也要上"的局面。这曲解了计算机审计的含义。因此，要改变目前计算机审计的考核方式，根据各专业处所管辖的信息化程度和特点，以及处内计算机审计专业人员的构成情况，整合人力资源，科学地、有针对性地安排考核内容，将压力变为动力，更好地推进本部门、本单位的审计信息化建设。