部门利益所对应的是公共利益。部门利益膨胀，势必导致公共利益受损。而在依法治国、依法行政的原则面前，部门利益过度扩张以影响立法，甚至是以部门立法的方式，使部门利益法定化。
因此，接受《瞭望》新闻周刊采访的专家指出，建立公共事务决策体系，最大限度地限制乃至革除部门立法权力，最大限度地限制乃至消除部门利益对公共利益的损害，是一个迫在眉睫的命题。
革除部门起草立法的权力
中国现代国际关系学院经济安全研究中心主任江涌指出，限制部门利益，使其不能膨胀，需要完善相关的体制，特别是立法的程序和体制。要做到开门立法、公正立法。
受限于我国的立法实际，过去很多法都是部门立法，部门利益往往因而得到强化。江涌认为，要解决部门立法问题，从国务院的层次来讲，以后立法的时候，法律的起草尽量不由部门来起草。因为由部门起草，就可能留下很多“后门”，一些细则可能有几十种解释方式，专家也不容易发现。因此，今后要组织专家起草法律，从部门选拔成员来参与。同时，法律起草后，可以增加更多的论证和听证程序。
中央民族大学法学院教授熊文钊明确提出，要革除部门自己起草立法的权力。他介绍，根据他的经验，在专家参与部门立法起草的过程中，行政力量要远远超过专家的意见和建议。部门利益在法律中“硬化”的情况很多，部门、地方都有这个倾向。因此他认为，需要革除部门自己制订法律草案的方式。法律的制定、修改应在人大的主导下招标，由专家学者参与，吸收部门的人参加，这样才能避免部门立法带来的部门利益膨胀问题。
国家行政管理学院宋世明教授认为，应加强对行政立法行为的监督，遏制“部门职权利益化”趋向的发展。
“部门职权利益化”不仅表现为部门职责的界定方面，而且体现在行政立法行为方面。因此，加强对行政立法行为的监督，就成为遏制部门利益势在必行的重要路径。行政立法行为其广义含义包括行政立法机关的立法行为和行政机关制定规范性文件(例如在《行政复议法》中表述为“行政规定”)的行为。根据世界各国的通例和现实经验，必须从多种途径加强对行政立法行为的有效监督。
加强政府立法机关对行政立法行为的前置审查。主要是通过政府法制部门(各级政府的“法制办”)对部门制定行政法规的行为进行前置审查。主要是审查法律规范确立的依据和对法规内容的初审。
加强立法机关对行政立法行为的审查。立法机关依据《立法法》和依法行政的法律优先原则对部门的行政立法行为进行审查。
建立与健全司法机关对行政立法行为的司法审查制度。在我国可以考虑在修改《行政诉讼法》时扩大受案范围，继续完善《行政复议法》，扩大复议的范围。
适时创设“行政公诉制度”。20世纪80年代以后的中国法律，有些在加强个体利益保护的同时却走向另外一个极端，那就是忽视对公共利益的保护。表现在行政诉讼制度中，忽略了通过行政公诉保护公共利益的程序。因此，应适时创设“行政公诉制度”。公诉主体是检察机关，公诉的对象是行政“作为”与“不作为”，目的是维护“公共利益”。这是加强对行政立法监督的重要举措。
确立行政首脑办事机构(主要是指各级政府办公厅)的综合协调中心地位。加强综合协调中心对各部门行政立法行为的监控力度，加强综合协调中心与政府法制部门协同审查部门行政立法行为的力度。这一点在我国的当前更有现实意义。“权力意志统一的过程，正是行政中枢克服纵向和横向分权所造成的意志分散的过程。纵向的统一靠建立在一定规章制度之上的强制力来实现，而横向的统一靠相互协调来解决，这种协调又必然包含着一定的斗争。”为了增强行政中枢在横向协调中的优势，消除部门之间在行政权力扩张过程中对职权、利益、项目的争夺,消除部门行政法规之间的冲突，维护政令统一，许多国家作了有益的探索，宋世明教授介绍道。
决策程序要确保公共利益
部门领导决策过多地从管理者、部门的角度出发，决策程序缺乏对公共利益的保护，导致决策“公共性”缺失，也是受访的专家学者们认为应加以关注的。
清华大学公共管理学院教授于安指出，如今政府职能发生了变化，要维护社会的公平正义，就需要有一个系统的决策结构、决策程序、决策原则，来反映不同阶层的利益。这是有效实现党执政目标的重要条件。
对此，就要仔细研究如何建立与现代政治文明相适应的行政决策系统，具体地讲，就是公共部门尤其是部委决策的时候，整个决策过程是怎么样的，决策是如何形成的。
他分析，各部委决策有几个非常重要的权力，首先是起草行政法规的权力。按照行政法规制定程序条例，有些行政法规是可以由部委起草的；第二是一些法律由部委起草，经国务院按照法定程序向全国人大提出议案的；第三是各个部委有自己制定规章的权力；第四是制定其他有普遍约束力的决定命令的权力。
上述权力都要按照现有法律如立法法、行政规章制度程序条例等来施行，但在制定过程中如何约束部门利益，突出法律的“公共性”还保障不足。
比如按有关规定，法律、法规等在起草时要征求意见，包括征求部门意见、征求相关群众意见、征求专家意见等。征求意见的方式，可以采取不同的方式。而且在提立法草案的时候，需要对意见进行说明。
但是，保证部门全面地征求利益相关人意见的程序不足。比如在听取专家意见时，怎么能够保证既听取支持性的专家的意见，同时也听取那些不支持的专家的意见，这在程序上没有硬性规定。
于安认为，这说明规定本身的界定和结构有问题。行政决策的程序有规定，但太原则化，部门完全可以只找支持部门意见的专家参与立法，这样的程序难以保证决策的公正性。
从这个意义上讲，对公共事务的决策过程加以有效监督是非常必要的。
于安说，现行的利益决策过程难以保证各方利益的公平博弈，往往是谁最能接近决策者就给谁好处，这就把立法，把文件的起草过程变成了只反映一部分人利益和意志的过程。最终，行政部门可能成为某些利益集团的代言人。
于安认为，当前，要关注中国政府，尤其是部门在形成国家意志当中受到哪些影响。部门利益比较复杂，美国也有这样的问题，各国都会有这样的问题，但是中国的问题和他们有很大的不同。发达国家部门之间的冲突、政府与部门之间的冲突，往往是政治性和公共职务性的冲突，或者说以这种冲突为主。但是我们部门的冲突更多地体现为自利性，情形要更复杂一些。
比如说，部门在考虑一个政策的时候，部门首长往往要考虑自己部门过去长期形成的队伍怎么办？过去长期业务所形成的裙带关系怎么办？这就是计划经济沿袭下来的影响，外国政府不一定有。
于安认为，这种部门利益关系，在宪法框架里面很难找到。宪法有两个主要框架，一个是地方与中央的关系，这是一个纵向框架；还有一个横向框架，就是不同职能的国家政权之间的关系。
而在一个职能系统内形成的关系，在传统的宪法框架里找不到规则来处理。而这恰恰是中国政府治理中一个非常关键的问题。
建立民主化、法制化的规范公共选择机制
民主决策、科学决策是遏制部门利益膨胀的关键。如何实现科学决策？财政部财政科学研究所所长贾康认为，一是应尽量透明，二是在可能的情况下，尽量引入专家论证，也就是“可行性报告”。在比较充分的论证之后，尽可能形成集体决策，不能由少数人专断。
决策科学化还需要有一个更长效、更根本的机制来支撑它，这就是民主化、法制化的规范公共选择机制。
贾康认为，公共选择至少可以分为两大类，一类是“规范的”公众选择，一类是“非规范”的公众选择。
“规范的”公共选择，就是“应该的”选择，也就是社会代价比较小的，痛苦程度比较低的，决策出来正确性可能比较高的选择。
所谓非规范化的公共选择，就是代价很大的、痛苦程度很高的、对社会成员伤害更深的选择。其中比较典型的是以暴力冲突的方式形成的公共选择，这是应该坚决避免的。
要进行规范的公共选择，就应该有一个规范的博弈过程，在这方面我们还很需要完善。比如现在已经基本达到了有法可依，但法律的质量还要提高。现在一些部门法之间相互打架，上位法、下位法之间理不顺，操作性不强，或者有法不依的情况都存在。
因此从总体上，针对部门利益的膨胀，要靠今后建立一套决策科学化的长效机制来抵消它，最根本的还是要有中国的民主化、法制化、现代化的深层政策和成果来支撑。
从建立公共资源平台入手
贾康认为，可以借鉴美国建立现代意义的税收制度、预算制度，建立现代意义的公众意愿表达和监督机制，建立现代意义法制制度入手，首先建立公共资源平台，推进决策民主化、现代化。
贾康分析，从美国的进步进程看，一是其个人所得税制度的成型，对整个联邦政府的职能定位、宏观调控等有着巨大影响；二是1920年前后以纽约市为先导，建立了现代意义的预算模板。这个预算模板，是从理财角度推动民主化、法制化进程。
而在中国，下一步公共财政改革可以选择将所有部门可动用的资源放在一个平台上。现在，中国的模型是“金字号工程”，如“金财”、“金税”、“金审”、“金关”、“金农”、“金水”等十几个金字号工程，如果今后将它们的信息全部对接，所有的信息在这个系统里是透明的，那么统筹协调、科学决策、科学发展也就有了一个前提条件。
在这个平台上，各个部门发表意见时，大家就要把那些藏着掖着的东西排除掉，再尽可能地加入公众意愿和公众偏好，然后再形成科学决策，那就比原来强得多。
这样从管理角度切入做到决策的科学化，公共利益最大化，遇到的阻力会最小，实现的可能性最大。它将会带来理财的民主化，拉动生活、社会经济乃至与决策相关的政治体制改革。
这样一个现代意义的预算制度，看起来是一个技术性的，但可以打开中国政治改革的空间，约束现在膨胀的部门利益和部门利益集团的过分行为。
类似的还有国库集中收付制度。所有的公共部门，所有的在投资金必须是透明的，有利于全程监督。水利部第一批进入了国库集中收付制度试点，过去是三天两头往财政部跑催钱，实行这条新的管理制度后，变成财政部理直气壮地催他：“你赶快按照预算花好。”