1、与电子政务发展脱节
从本次评估总体情况来看，绝大多数的政府门户网站在定位问题上较为模糊，甚至不符合发展要求，问题在于没有将政府门户网站与电子政务发展统筹考虑。网站的定位不科学，不仅影响到政府门户网站自身的可持续发展，更将影响到电子政务的深入开展，影响到对信息资源的利用能力。
2、“政府中心”痕迹严重
政府门户网站“以政府为中心”主要表现在从政府角度出发，按照政府机构设置提供服务项目。“以用户为中心”则主要体现在从网站使用对象角度出发，按照用户需求提供服务项目，方便用户迅速获取所需服务。
从本次评估结果来看，我国各级政府门户网站“政府中心”的痕迹依然很重，据评估统计，能够基本做到按用户进行服务分类的地级和县级政府门户网站分别占同级门户网站的8.7%和3.2%，而基本按照政府部门进行服务分类的两级门户网站比例分别高达48.1%和50.4%。
3、政务公开不充分
从政府门户网站内容比较来看，政务信息公开要强于网上公共服务，但是由于我国绝大多数地区缺乏相关法规作为政务公开的依据，使得我国政府门户网站的政务公开内容不够深入，公开的政务信息基本集中在基本的政务信息领域，对公众最需要了解的政府决策信息和办事类信息远远不够，公众的知情度仍有待提高。
具体而言，评估结果显示，在机构设置、领导分工、人事任免、政策法规等方面，政务公开程度相对较高，而对于深入政府内部、敏感性较强的政策制定信息，如财政投资、民愿处理及政府采购等，绩效指标得分情况非常不理想。
4、用户针对性不强
本次评估发现，大量的门户网站服务内容杂乱无章，超过90%的政府门户网站上的主要服务内容没有明确的用户指向。即使是绩效较好的少数门户网站，网站的使用率也并不理想。
总结我国政府门户网站服务项目，主要存在两个问题：第一，网站服务建设没有贯彻需求导向的原则，尽管很多网站服务项目规划得较为全面，但是很多公共服务项目并不实用。第二，服务分类不科学，服务内容的用户针对性不强，使得用户获取网上服务较为困难。
5、网站布局不合理
将我国政府门户网站与加拿大、美国、新加坡等全球知名的政府门户网站对比，可以发现这些国际上知名的政府门户网站首页非常简洁，栏目设置得非常有条理，但是在这些首页后面却整合了大量的服务内容，用户寻找内容非常方便。而我国政府门户网站栏目设计普遍复杂，频道和栏目名称的含义模糊，栏目之间内容重叠。首页内容琳琅满目，但背后却“囊中羞涩”，缺少服务内容。
6、门户网站与部门网站“两张皮”
门户网站是提供“一站式”公共服务和整合发布政务信息的窗口，是区域内所有政府网站的统一入口，因而对服务资源整合要求非常高，门户网站发展必须基于区域内所有政府部门网站资源的整合基础之上。
本次评估发现，内容匮乏和信息维护难，是大多数门户网站面临的共同难题。究其根源，在于门户网站与部门网站之间的脱节，经常出现内容缺失和更新不及时情况，门户与部门网站之间并没有形成有效的协同机制，各部门信息资源无法得到有效整合，门户网站与部门网站形成了“两张皮”。从严格意义上讲，这些政府门户网站并没有发挥“门户”的作用。如何在门户网站和部门网站之间建立有效的协同机制，实现互动，是我国各级政府门户网站建设中存在的突出问题。
网站规划有待升级
政府门户网站建设是电子政务建设中的重要组成部分，也是政府面向社会提供电子化管理和服务的窗口。一个政府门户网站建设、运行的好坏，直接关系到政府的形象，也影响着管理、服务的质量和水平，因此，在电子政务建设中，注重政府门户网站建设，提高政府门户网站设计、运营以及管理水平，就成为一个非常重要的问题。
首先，科学定位。要充分认识门户网站在电子政务中的“龙头”作用，既要认识到门户网站对电子政务的作用，又要认识到电子政务对门户网站的要求，要用电子政务发展的眼光来看政府门户网站，绝对不能就网站而论网站。
其次，解放思想。一定要继续解放思想，打破路径依赖，坚决树立“以人为本、以服务对象为中心”的意识，大胆突破以往“以政府为中心”的服务模式，换位思考，从服务对象需求出发组织网站内容，从方便服务对象使用的角度设计网站。
第三，求真务实。建设政府网站务必结合实际情况，要把握“实用、好用和够用”的“三用”原则，要分步进行实施，不仅要关注网站能够提供什么服务，更要关注社会公众使用网站的实际效果如何。
第四，整合资源。政府门户网站要以整合资源尤其是以跨部门、跨区域整合资源为重，通过门户建设，促进地区跨部门、跨区域的电子政务应用，切切实实发挥“门户”的功能，为社会公众提供“一站式”、“一窗式”信息和服务。
各级政府门户网站拥有情况
一、部委门户网站拥有率为93.4%。缺失网站的部门共计5个，分别为：国防部、国家安全部、国家宗教事务局、国家信访局、国务院研究室。
二、省级门户网站拥有率为90.3%。缺失政府门户网站的省份共计3个，分别为：山东省、西藏自治区、宁夏回族自治区。
三、地级门户网站拥有率为93.1%。全国地级政府门户网站拥有率为93.1%，在27个省和自治区中，有12个省的全部地级政府拥有政府门户网站。
四、县级门户网站拥有率为69.3%。全国县级政府门户网站拥有率为69.3%。