重点任务
中长期重点任务从现代渔业发展的全局和战略角度考虑，重点在水产养殖、水产品加工、渔业环境、水产品质量安全、渔业装备与工程以及渔业信息化等六大领域开展核心技术研究，促进我国渔业持续协调发展。
水产养殖发展领域：加强育种理论技术创新与应用，培育主导养殖种类优良品种，提高良种覆盖率；加快高效饲料、安全渔药和免疫制剂研发，加强养殖容量研究，建立环保、优质的养殖模式和技术体系，促进水产养殖方式的根本转变，提高水产养殖综合效益；加强集约化养殖设施开发和相关技术研究，提高设施渔业装备的现代化程度和科技含量，加快养殖业产业化进程。
水产品综合利用领域：开展水产品精深加工、综合利用和高值化技术研究，建立大宗、优势养殖水产品精深加工技术体系，全面提高我国水产品加工率，延长产业链；利用现代生物技术原理与手段，建立水产生物产物资源研究和技术开发体系，为推动我国水产生物产业发展提供系统的科技支撑。
水生生物资源养护领域：加强渔业资源合理利用与保护的研究，积极研发和推广渔业资源增殖的新技术和新模式；加快建立科学的渔具渔法技术体系，强化水生生物资源和生态环境调查监测评估技术研究，建立水生生物资源栖息地生境修复技术；开展水域生态灾害防灾减灾、濒危水生生物保护技术的研究，合理养护、修复和保护水生生物资源；加强公海生物资源利用技术研究，开发新的渔业资源，丰富渔业发展内涵。
水产品质量安全领域：针对产地环境、生产投入品和生产过程，研究建立系统的水产品安全性评价和风险分析技术与方法，研究捕捞、养殖、加工和流通等主要环节危害控制技术，建立水产品质量安全保障技术体系；加强水产品质量安全检测技术、检测方法研究和标准制定，建立健全水产品质量安全标准化体系、水产品质量安全追溯系统和监控技术体系，全面提高水产品质量安全水平。
渔业装备与工程技术领域：加强集约化养殖设施、水产品加工技术装备、现代远洋捕捞装备和综合配套技术以及渔业工程技术研究，进行新技术、新材料系统集成研究和技术运用，发展安全、节能、环保、系统配套性强、有利于产业化的渔业装备及设施，提高我国渔业装备和工程技术的总体水平，推动产业化进程。
渔业信息化领域：利用现代信息技术手段，加强渔业信息化技术开发与应用研究，建立渔业信息共享体系、渔业资源环境监测预警系统和渔业生产智能系统，提高渔业信息化程度，为全面提高渔业宏观管理决策水平和渔业信息化综合服务管理效率提供系统的技术支撑。
“十一五”期间重点任务努力争取国家重大基础性研究、国家高新技术研究、科技基础条件平台和社会公益性研究等计划对渔业科技的支持，重点部署、实施国家科技支撑、行业科研专项、“948”引进计划、跨越计划及农业科技入户示范工程等渔业项目。紧扣渔业发展重大技术需求，确定科技创新方向；瞄准渔业生产技术瓶颈，组织关键技术攻关；针对科技成果转化难题，实施科技示范工程；围绕渔业公益性服务功能，开展公益性基础工作；不断增强我国渔业科技创新与应用能力。
主攻六大创新方向为提高渔业科技自主创新能力，引领和支撑现代渔业发展，当前和今后一个时期，要紧紧围绕行业发展的重大技术需求，重点在“水产主导品种培育、重大疫病防控、健康养殖、水产品质量安全控制、水生生物资源合理利用与生态环境保护、渔业节能减排技术”等六大方向上开展自主创新、集成创新和引进消化吸收再创新，努力解决渔业生产中的关键技术问题，为行业发展提供有力的科技支撑。
整合四大科研攻关项目围绕“十一五”时期渔业中心任务和行业发展的重大科技需求，按照科技立项渠道和相关要求，在上述六大创新方向的基础上，整合提出“养殖水产品质量安全、水产品加工、水生生物资源评价与养护以及渔业节能减排关键技术研究与示范”等四大渔业科研攻关项目，向国家有关部门争取支持，加快提升我国渔业科技创新能力和水平，切实发挥科技对现代渔业发展的引领和支撑作用。
养殖水产品质量安全保障技术研究与示范项目：针对日益凸显的水产品质量安全问题，以保障水产品质量安全和水域生态安全、促进渔业增效和渔民增收为目标，以优势区域布局为重点，以大宗淡水鱼、罗非鱼、对虾、贝类、鲆鲽鱼、大黄鱼、鳗鱼等主导水产品为主攻对象，以提升养殖全程质量安全水平为主线，加快品种改良和新品种推广，创新健康养殖模式，实行标准化养殖，突破水域生态调控、重大疫病防控、环保型配合饲料开发、水产药物（疫苗）开发、药物代谢与残留控制和水产品质量追溯等重大关键技术，加强技术集成与示范，建立水产品优质化、标准化、产业化生产模式，全面提升我国水产养殖产业素质和国际竞争力。
水产品加工关键技术研究与产业化示范项目：针对水产品加工增值的关键技术难题，以渔业增效、渔民增收为目标，以提高水产加工品质量和增加水产品附加值为主线，以淡水鱼、海洋贝类、对虾等大宗和优势出口水产品为主要研究对象，大力发展水产品精深加工技术，重点研究水产品加工酶工程技术、微生物技术、冷杀菌技术、液熏技术和膜分离技术等高新技术，开发水产品深加工系列化产品和加工装备，配套完善加工生产线，提高水产品加工产业化水平，为增强我国水产品的国际市场竞争力提供技术支撑。
重点水域水生生物资源评估与养护技术研究项目：为维护我国海洋渔业权益，保护我国专属经济区利益，重点研究我国与周边国家相邻海域和长江水生生物资源评价与养护关键技术，针对有重大经济价值和重要生态功能的水生生物种类，开展产卵场、育肥场、索饵场和洄游通道等关键场所的地理分布、种群结构、区系构成及其动态变化规律研究，探明经济物种的资源总量和可捕量，查明资源量变动状况，研究大型水利工程等人类活动和环境变化对水生生物资源关键要素的影响，开展珍稀濒危物种驯养繁育核心技术攻关，突破濒危水生物种保护关键技术，建立相关信息集成和共享系统平台，为养护和合理利用水生生物资源、保护水域生态环境、维护国家渔业资源权益提供重要支撑。
渔业节能减排关键技术研究与重大装备开发项目：围绕国家节能减排战略和“十一五”节能减排目标，针对渔业高耗能产业节能降耗的重大技术需求，开展海洋捕捞渔船和集约化养殖节能降耗技术研究，设计适合我国海洋渔场特点和捕捞方式的系列化节能船型，研究木质渔船玻璃钢被覆改造技术，研制渔船主机节油、余热利用、循环水养殖节能型温度控制技术与装置，开发低阻力渔具和符合水产养殖特点的大流量低扬程水泵等新型节能设备。研究适合我国基本国情的养殖减排技术。通过技术集成应用，使新建渔船单位捕捞产量能耗降低20%，现有渔船改造后能耗降低10%~15%，主要养殖装备能耗水平下降20%，新型循环水养殖模式降低能耗50%，努力实现养殖污染“零排放”，为实现渔业节能的国家目标提供有力的技术支撑。
实施三大科技示范推广工程充分发挥现有渔业科技创新体系的优势和作用，推动产学研相结合，以促进产业发展为目标，按产业链条进行集成创新和示范推广，提升产业整体技术水平。同时，按照“工作措施到村、上下联动抓户”的工作要求，以推广渔业主导品种、主推技术和实施主体培训为关键措施，提高科技成果转化能力和渔民对科技的吸纳能力，促进渔业科技、信息、服务进村入户。
现代产业技术体系研发示范工程：根据现代渔业的产业迫切需求和不同水域特点，以主导养殖品种为重点，以研发、熟化产业链条中重大关键技术为核心，进行良种良法配套，将优良品种、病害防治、饲料开发和利用、水质调控以及水产品加工和质量安全控制等技术进行组装集成和示范，使单位面积水域产出效率大幅提高，产业整体发展水平和竞争优势得到明显提升。
渔业科技入户示范工程：以优势水产品和优势产区为重点，以加强科技示范户能力建设为核心，通过政府推动、市场引导、项目带动、专家负责、专人包户的形式，建立科技人员直接到户、良种良法直接到田（池）、技术要领直接到人的科技成果快速转化长效机制和人、财、物直接进村入户的科技推广新模式。
新型渔民科技培训工程：通过开展多渠道、多层次的新型农民科技培训和渔民转产转业培训等，切实提高广大农（渔）民科学种养水平和转移就业能力，培养一大批有文化、懂技术、会经营的渔民技术能人和科技示范户，全面提高农（渔）民科技文化素质，为社会主义新农村建设提供强有力的人才支撑。
开展四项公益性基础工作进一步强化渔业科技公益性职能，系统部署渔业科技公益性、基础性工作，构建我国渔业公益性基础工作的有效工作体系、完善技术体系和稳定工作机制，全面提升渔业公益性基础性工作的科技支撑能力。
渔业资源监测：围绕《中国水生生物资源养护行动纲要》确定的目标和任务，加强渔业资源监测理论研究和技术体系构建，提高我国渔业资源监测水平。开展我国海洋、内陆水域及主要远洋渔业作业海区水生生物资源的长期常规性监测与评估，提出资源合理利用、保护和增殖的有效措施。
渔业生态环境监测：加强渔业生态环境监测技术研究，建立和健全渔业环境监测技术工作体系，开展我国近海、主要江河流域和大型湖泊渔业水域生态环境持续性监测，提出环境污染对渔业水域生态的影响及应对技术措施。
渔业标准研究：围绕水产主导品种和主推技术，加快水产品质量安全、水生动物防疫等重要水产标准的制修订工作，加强标准研究、宣贯和实施，强化渔业标准化人才建设，积极参与国际标准化工作，促进我国渔业标准与国际接轨，努力构建适应社会主义市场经济要求、符合国际规则的渔业标准化体系。
渔业管理研究：以提高渔业管理决策水平和管理效率为目标，加强渔业经济管理和发展战略研究，为渔业发展与管理提供决策依据。拓展现代信息技术在渔业领域的应用，建立我国渔业信息基础平台和渔业信息服务体系，提高渔业管理信息化水平。
保障措施
加强对渔业科技工作的领导各级渔业行政主管部门要把渔业科技工作摆在更加突出的位置，加强组织领导，进一步统一思想，提高认识，凝聚力量，按照新时期渔业科技的指导方针，结合当地实际，制定渔业科技发展规划，明确工作任务和目标，采取有力措施，逐项抓好落实，力争在重点领域、关键环节和核心技术的自主创新与推广应用方面取得重大突破，全面推进渔业科技进步。
各级渔业行政主管部门要强化创新意识，加强对科研、教学和推广单位的工作指导，继续深化改革，积极探索和总结产学研相结合的渔业科技创新模式，加强各类渔业科技计划项目的组织申报和监督实施工作。
加强对渔业科技成果的宣传、教育和推广普及工作，充分利用公众媒体宣传渔业科技、政策、法规知识，推介最新科技成果，充分发挥科研、教学、推广单位和学术团体等组织在科普宣传中的作用，提高渔民对科技成果的主动利用能力。
进一步加强科技人才的培养，加快造就一批科技领军人才、战略科学家和创新团队，尽快形成一支具有世界前沿水平的渔业科技创新人才队伍；加快培养一批通晓业务、擅长管理、具有战略眼光和全球视野的管理人才，尽快形成一支适应全球化竞争的管理人才队伍；加快培养一批高素质的技术推广人员和科技示范户，尽快形成一支适应现代渔业发展和社会主义新农村建设的水产技术推广队伍和渔区实用人才队伍。
加大渔业科技投入积极争取国家财政对渔业科技的稳定支持，争取渔业科技投入占农业科技总投入比例较“十五”期间明显提高。整合现有各项建设投资和财政专项资金，重点向提升科技自主创新能力方面倾斜。
积极组织和参与国家重大科技计划的实施，积极争取扩大国家科技支撑计划、“863”计划、“973”计划、科技基础平台计划等项目在渔业方面的份额。在全国范围内积极推荐和有效组织优势科技力量承担国家重大科技任务。
积极参与各项农业科技计划的组织实施。认真组织参与“948”引进计划、农业科技跨越计划、农业科技成果转化项目、公益性农业行业科研专项的实施，积极争取扩大渔业科技项目所占比重。
各级渔业行政部门要通过多种渠道，积极争取地方财政加大渔业科技投入，加强科技创新和成果转化工作。同时，鼓励和引导企业增加研发投入，逐步形成以政府投入引领、企业和社会力量广泛参与的多元化、多渠道、高效率的渔业科技投入新格局。
加快构建新型渔业科技创新体系和推广体系
构建新型渔业科技创新体系：按照国家农业科技创新体系建设的总体思路、统一布局和有关程序，充分认识渔业科技工作的公益性、区域性和稳定性特征，通过重大科技基础设施投入和科技创新项目的带动，以任务带团队，以团队促网络，以网络建体系，积极整合和优化配置现有各级渔业科技优势力量和资源，分别纳入国家基地、区域中心、试验站和企业技术研发中心建设，加快构建符合现代渔业发展需求的新型渔业科技创新体系，显著提高创新能力和效率。
完善基层水产技术推广体系：认真贯彻落实《国务院关于深化改革加强基层农业技术推广体系建设的意见》精神，根据新阶段渔业经济发展的需要，按照“强化公益性职能、放活经营性服务”的要求，通过明确职能、理顺体制、优化布局、精简人员、充实一线、创新机制等一系列改革，逐步建立起以国家水产技术推广机构为主导，以渔区经济合作组织为基础，渔业科研、教育等单位和企业广泛参与，分工协作、服务到位、充满活力的多元化基层水产技术推广体系。
健全渔民科技培训体系：积极推进将渔民科技培训工作纳入全国农民科技培训体系，充分发挥各部门渔业技能培训中心、职业技能鉴定站、科研院所、水产院校和社会各方的力量，开展渔业科技教育培训，建立由政府组织、渔业部门主导、农（渔）科教结合、社会广泛参与的渔民教育培训网络系统，不断提高渔民的科技素质和水平。
创新渔业科技持续发展机制完善渔业科技投入的绩效评估机制：紧紧把握国家加大对包括渔业在内的农业科技投入的大好形势，积极探索和完善投入产出绩效评价制度，规范经费的使用和管理。优化科研基地、人才队伍和科研条件等方面的资源配置，发挥财政投入的最大效益。逐步建立科技经费投入的绩效考评制度，加强对项目实施过程的跟踪管理和目标考核，科学评价项目执行效果，提高科技创新效率。
优化渔业科技项目的立项机制：完善和优化渔业科技决策咨询制度，加强对重大渔业科技问题的统筹协调和重大科技项目的科学论证。重视前瞻性、公益性和基础性科技项目的长期稳定支持，明显提高对制约产业发展的重大突发问题的应急科技支撑能力；进一步强化应用性科技项目的顶层设计与生产需求紧密结合，逐步实现科技选题“从生产中来，到生产中去”。
完善分工协作和联合攻关的机制：围绕国家渔业发展的重大技术需求，按照“资源共享共用、权益合理分享”的思路，整合各类资源，充分调动中央和地方、系统内外相关渔业科研、教学以及企业单位的积极性，以任务分工为基础、以权益合理分配和资源信息共享为核心、以合作项目为纽带，形成跨单位、跨区域、跨系统的渔业科技创新团队和协作网络，构建全国性渔业科技创新共享平台，促进农科教、产学研紧密结合，争取多出成果，快出成果，出突破性大成果。
扩大渔业科技国际合作积极主动参与国际科学研究计划，引进和消化吸收国际先进技术，继续保持我国渔业科技创新的优势领域，增强科技竞争实力和科技持续发展能力；继续实施渔业技术与人才引进计划，主动加强与国际组织、发达国家在资源、技术、智力、项目和实验基地建设等方面的科技合作与交流，按照互惠互利原则，充分吸纳国外资金对渔业科技的开发。加大实施渔业“走出去”战略，建立稳定、通畅的国际合作渠道，扩大对外开放；鼓励有条件的单位到国外开展项目合作，增强科技竞争的实力和科技发展能力；鼓励科研院所、教学单位和龙头企业向国际化方向发展，进一步开拓渔业技术和产品的国际市场。