第三方支付厂商是新型清算组织的代表，在创新能力上，一直优于其他同业。在B2B业务方面，他们同样体现出了强大的产品创新能力。在面向个人的交易市场之外，B2B交易市场正在成为第三方支付厂商新的成长空间。2005年下半年，阿里巴巴B2B网站上就已经开通了支付宝付款方式，根据B2B业务自身的情况，对付款的规则进行了修改，比如延长默认交易成功的时间，关闭余额支付功能等。这样，诚信通会员在进货时可通过支付宝与卖家进行资金结算。一位尾货商人余保华即通过支付宝支付货款的方式做成了大量生意。
机票代理商平台
在北京工作的李先生因有事在广州出差一段时间，当他要返回北京时，考虑到深圳的机票折扣相对高一些，于是便联系了广州的机票代理机构，想询问深圳飞往北京的机票价格，结果该代理商告诉李先生，他们无法提供从深圳起飞的机票。
传统模式下的机票代理商拥有很好的地域资源，有获得当地机票价格优势的能力，但他们同上级商家往往都是单线联系，销售价格受限于上游商家提供的折扣。并且因为信息受阻，机票代理商往往受限于在本区域内销售机票。随着携程等全国性综合服务商的崛起，单一的机票代理服务机构的业务备受挤压。
易行天下是目前国内最大的B2B电子客票竞价平台。在这个平台上，机票代理商们可以弥补自身缺陷，实现异地机票的共享。李先生如果找到了加入易行天下的广州代理商，该代理商可以很方便地通过易行天下找到位于深圳当地的机票代理商，并且获得相应的优惠价格，再由其转卖给李先生。这时候，李先生所面对的广州本地的机票代理商实际上变成了可以完成全国多个城市机票预定的大代理商。
异地的不同代理商之间经销机票虽然使小代理商们形成了一个联合体，实现了机票的异地销售，但同时也带来了交易资金管理的难题。不同的代理商之间并不存在信用关系，并且机票的异地交易还存在机票出售者和实际上的出票人之间的利益结算问题，这就需要有一个良好的支付平台来实现不同代理商之间的转账、分账等功能。假定李先生找到的机票代理商为A公司，A公司找到的深圳当地的机票代理商为B公司，A公司在找到B公司索要一张深圳到北京的机票时，B公司会要求A公司现款现结，而A公司也要求B公司能够实现机票销售收入的利润分成能在最短时间内完成。易行天下通过引入了易宝支付开发的系统，实现了即时支付、即时到账和即时分账功能，即A公司在订购了B公司的机票后，即时付款给B公司，系统就会自动完成账款到户，并且完成利润分成，A公司应得的利润自动进入自己的账户中。这样的支付系统实现了中小型机票代理商最迫切的需求：全地点网络化的售票以及最快速度的支付清算得以实现。
易宝支付相关人员告诉记者，易宝支付在机票代理方面开发了专门的支付产品AT-5系统，通过该平台，可以很方便地完成多处资源的整合，对航空公司而言，这样的平台使其能够更方便地管理其下线的各级代理商；而对中小型机票代理商来说，他们不但可以整合其他区域的机票代理商的机票资源，还可以整合机票之外的旅游、酒店产品等，结合自身的资源优势，仍然产生了同携程一样的竞争实力。
环讯相关人士告诉记者，在机票代理、酒店预定等领域，环讯也有相应的分账系统。但这些从交易行为上来说明显属于B2B的支付，却是通过银行B2C网关完成的。“B2B交易看上去数额很大，但其实做起来却很难。”
B2B交易核心是信用
快钱是国内较知名的电子支付平台之一，也是目前国内不多的接通银行业企业级网银平台的支付厂商之一。快钱目前已经接通了包括工商银行、建设银行和招商银行等银行的企业网银网关，还将与深圳发展银行、上海浦东发展银行等连接。而很多第三方支付厂商因为无法与企业级网银连接，只能使用个人网关，于是一些使用了第三方支付平台的企业不得不在企业级交易中以个人账户的方式进行交易，这对企业的内部管理流程是一个挑战。
快钱相关人士告诉记者，企业交易中最突出的是诚信问题，目前第三方支付厂商开通了一些功能，比如通过信用中介等方式保障企业资金安全，但因为企业之间的交易资金量过大，由第三方支付厂商担保支付的方式来交易，难以得到企业的信任。
电子商务使得异地交易量大增，交易双方的了解程度却较传统交易大大下降，因此交易中的诚信成本增大。而银行方面，在B2B交易中，提供的产品主要是信用担保方式，中小企业的信用额度普遍较低，在使用银行的交易产品时，难以满足他们的需求。因此，如何设计能够方便中小企业实现交易的产品，是第三方支付厂商的当务之急。
一些企业也试图通过物流代收款的方式来弥补交易信用问题，比如通过提货单提货、物流代收款再向企业转账等方式交易。但对于国内企业来说，提货单交易在很多时候都难以实现，而以物流代收款的方式交易，物流企业自身的诚信也难以保证，“企业也会担心物流收款后把款项挪用等问题。”
虽然有着种种不便，一些企业确实在使用着物流代收款。“我们的小批量货物，如果是新买家，会采取物流代收款服务，物流把货物送到后，由买家验货并向物流付款，然后物流企业才把货交给他们。”一家企业主说。
目前的B2B交易支付，第三方支付厂商更乐意做不涉及物流的交易。百度的直销平台支付功能就是通过快钱系统实现，百度的关键字竞价排名等产品面向中小企业销售，并不涉及到物流，因此交易就显得比较简单。类似新网、万网等向企业提供非实物产品，比如域名、网络广告等，都使用了类似的支付产品。
B2C交易中，更为主流的显然是需要物流参与的交易。尤其在珠三角、长三角一带，发达的物流使当地的企业通过电子商务做生意变得更容易，但因为资金流与物流往往没有直接关系，也造成了风险成本过高。
快钱相关人士告诉记者，快钱正在考虑与信用机构合作，企业之间的交易可以通过快钱进行，而信用则由专业的信用机构来评定，这样就避免了第三方支付企业自身作为信用机构难以得到企业认可的问题。而企业级交易中的支付也比零售交易更加灵活，比如前文提到的机票代理中的分账系统，以及B2B交易中会出现的二次清算，即验货、点货之后，再重新进行结算付款，当这些交易中的资金流与物流挂钩时，就会产生出更多新的需求。支付企业厂商，你们准备好了吗？