尽管电子政务与电子商务之间存在着同构性，但是考虑到我国行政管理体制的特殊性，电子签名的行政法规在一些条款的具体规定方面与现在的电子签名法应该会有所不同。主要体现在以下两方面：

一、立法原则的差异 在电子政务领域，功能等同、技术中立及当事人意思自制这三个原则中，技术中立原则应该是没有问题的，但是其他两个原则却可能产生差异。就“当事人意思自制”而言，政府通过网络进行采购和招标，政府作为商务活动的当事人与企业之间订立具体合同条款是可以的，但是，就网上办公来说，这条原则就不具可行性了。因为，前一种情况是“点—点”的情形，而后一种情况则是“点—面”的情形。两者之间，无法互通。就“功能等同”原则来说，现在的电子签名法是以书面形式为参照，突出和强调电子签名与数据电文在电子政务领域。政府为促进电子政务的实施，可能会要求所有的行政相对人就某些网上政务完全采行电子方式，因为，如果电子政务发展到一定程度，还要求书面形式，就会给政府机关带来额外的行政成本，提高行政效率的目的也就难以实现。

二、认证服务机构管理的差异 现在的电子签名法实际是采取“市场运作、政府监管”的管理模式。但是，就电子政务而言，显然不应该由企业来确认政府机关的身份。电子政务的认证服务机构，其管理模式可以是多种多样的，例如可以采取“地方政府运作、中央政府部门监管”的管理模式。此时，必须妥善处理两种不同情况下的监管问题。