一、手工方法:
1、检查网络连接情况
由于不少木马会主动侦听端口，或者会连接特定的IP和端口，所以我们可以在没有正常程序连接网络的情况下，通过检查网络连情情况来发现木马的存在。具体的步骤是点击“开始”->“运行”->“cmd”，然后输入netstat -an这个命令能看到所有和自己电脑建立连接的IP以及自己电脑侦听的端口，它包含四个部分--proto(连接方式)、local address(本地连接地址)、foreign address(和本地建立连接的地址)、state(当前端口状态)。通过这个命令的详细信息，我们就可以完全监控电脑的网络连接情况。
2、查看目前运行的服务
服务是很多木马用来保持自己在系统中永远能处于运行状态的方法之一。我们可以通过点击“开始”->“运行”->“cmd”，然后输入“net start”来查看系统中究竟有什么服务在开启，如果发现了不是自己开放的服务，我们可以进入“服务”管理工具中的“服务”，找到相应的服务，停止并禁用它。
3、检查系统启动项
由于注册表对于普通用户来说比较复杂，木马常常喜欢隐藏在这里。检查注册表启动项的方法如下:点击“开始”->“运行”->“regedit”，然后检查HKEY_LOCAL_MACHINESoftwareMicrosoftWindowsCurrentVersion下所有以“run”开头的键值;HKEY_CURRENT_USERSoftwareMicrosoftWindowsCurrentVersion下所有以“run”开头的键值;HKEY-USERS.DefaultSoftwareMicrosoftWindowsCurrentVersion下所有以“run”开头的键值。
Windows安装目录下的System.ini也是木马喜欢隐蔽的地方。打开这个文件看看，在该文件的[boot]字段中，是不是有shell=Explorer.exe file.exe这样的内容，如有这样的内容，那这里的file.exe就是木马程序了!
4、检查系统帐户
恶意的攻击者喜在电脑中留有一个账户的方法来控制你的计算机。他们采用的方法就是激活一个系统中的默认账户，但这个账户却很少用的，然后把这个账户的权限提升为管理员权限，这个帐户将是系统中最大的安全隐患。恶意的攻击者可以通过这个账户任意地控制你的计算机。针对这种情况，可以用以下方法对账户进行检测。
点击“开始”->“运行”->“cmd”，然后在命令行下输入net user，查看计算机上有些什么用户，然后再使用“net user 用户名”查看这个用户是属于什么权限的，一般除了Administrator是administrators组的，其他都不应该属于administrators组，如果你发现一个系统内置的用户是属于administrators组的，那几乎可以肯定你被入侵了。快使用“net user用户名/del”来删掉这个用户吧!
如果检查出有木马的存在，可以按以后步骤进行杀木马的工作。
1、运行任务管理器，杀掉木马进程。
2、检查注册表中RUN、RUNSERVEICE等几项，先备份，记下可以启动项的地址， 再将可疑的删除。
3、删除上述可疑键在硬盘中的执行文件。
4、一般这种文件都在WINNT，SYSTEM，SYSTEM32这样的文件夹下，他们一般不会单独存在，很可能是有某个母文件复制过来的，检查C、D、E等盘下有没有可疑的.exe，.com或.bat文件，有则删除之。
5、检查注册表HKEY_LOCAL_MACHINE和HKEY_CURRENT_USERSOFTWAREMicrosoftInternet ExplorerMain中的几项(如Local Page)，如果被修改了，改回来就可以。
6、检查HKEY_CLASSES_ROOTtxtfileshellopencommand和HKEY_CLASSES_ROOTxtfileshellopencommand等等几个常用文件类型的默认打开程序是否被更改。这个一定要改回来。很多病毒就是通过修改.txt文件的默认打开程序让病毒在用户打开文本文件时加载的。
二、利用工具:
查杀木马的工具有LockDown、TheClean、木马克星、金山木马专杀、木马清除大师、木马分析专家等，其中有些工具，如果想使用全部功能，需要付一定的费用，木马分析专家是免费授权使用。